Output .bed file not found in the MACS2 folder
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
El issue se refiere a la salida de nf-core/chipseq y a la falta de un archivo BED de MACS2; comienza reproduciendo la ejecución de la pipeline e inspeccionando las rutas de salida indicadas. Confirma si se espera un archivo BED para este workflow y haz que la salida esté disponible para ChIPseeker; después, verifica los archivos resultantes en la salida de la pipeline.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I recently ran my samples through the nf-core/chipseq pipeline and now want to use ChIPseeker for annotation. However, after checking the output, I couldn’t find the MACS2 folder containing the BED file. I would appreciate any assistance with this issue.
- Lenguaje dominante
- Nextflow
- Estrellas
- 245
- Forks
- 185
- Merge medio
- 6 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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