Add --only_step options
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza en el punto de entrada de la pipeline de chipseq y compara sus opciones de ejecución con el comportamiento de --only_alignment de la pipeline de cutandrun. Traza cómo se selecciona la etapa de alineamiento y dónde comienza el peak calling. Se considera terminado cuando chipseq admite una opción --only_alignment que completa el mapeo de todas las muestras y se detiene antes del peak calling.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Description of feature
Hi!
in the cutandrun pipeline, I really appreciate the option to run only one part of the pipeline such as --only_alignment to stop just after mapping the data.
Would it be possible to implement something similar for the chipseq pipeline?
My usage: I am running the chipseq pipeline on cutandrun data because single-end reads are not supported in the cutandrun pipeline. My data contain E.coli spike-ins that I would like to quantify in the exact same condition the samples are processed. If I run the pipeline on the E.coli genome just to quantify the E.coli reads, the pipeline fails while some samples are still mapping because the first sample to finish the mapping goes for peak calling which obviously fails due of the law amount of reads. As such, I have to re-run the pipeline on the unfinished samples again to until all samples are eventually mapped.
If an --only_alignment option existed, I could map my spike-ins and stop before the peak calling.
- Lenguaje dominante
- Nextflow
- Estrellas
- 245
- Forks
- 184
- Merge medio
- 6 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de nf-core/chipseq
-
MACS3 is reporting that 100 paired reads are needed, even when single end data is used as inputAbiertobug
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100
-
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100
-
enhancement
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100
-
bug
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100
-
enhancement improve-behaviour
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100
Todos los issues de nf-core/chipseq
Issues similares
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
protocol-revision
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 73/100
-
New term request
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
monarch-initiative/mondo#10796 ·
Los mantenedores suelen responder en 2 días
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100
-
update module: SAWFISH/JOINTCALLAbiertoupdate module
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día