nextflow-io/nf-schema

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Functionality for working with pipeline and sample sheet schema files in Nextflow pipelines

nextflow-io/nf-schema は初心者に優しい？

nextflow-io/nf-schema への外部コントリビューターの PR が最近は少なく、どのくらいマージされるかはまだ言えません。 初心者向けのオープンな issue は今はありません。下の一覧に、このリポジトリのほかの issue があります。

スター
58
フォーク
32
オープンの初心者向け issue
0
索引済み issue
47
平均マージ
2日 5時間
マージ済み PR（30日）
3
主要言語
Groovy
ライセンス
Apache-2.0
最終 GitHub push
2026年11月9日
最新の索引
2026年9月19日
コントリビューションガイドがありません
行動規範がありません
初心者向けラベル
初心者向けラベルは索引されていません

nextflow-io/nf-schema にコントリビュートするには

  1. コントリビューションガイドはないので、README と最近マージされた PR をいくつか読んで、変更の出し方をつかみましょう。
  2. あなたのコントリビュートはプロジェクトの Apache-2.0 ライセンスで公開されます。
  3. リポジトリをフォローすれば、新しい初心者向け issue が出たときにわかります。下のほかの issue も見てみましょう。
初心者向け すべて
オープン すべて

誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示

  • URL validation stalls when nextflow is run in offline mode
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 56/100

    nextflow-io/nf-schema#244 · コメント 1 件 ·

  • SummaryCreator#maybeMask fails with ambiguous overloading on null parameters since 2.7.3
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 65/100

    nextflow-io/nf-schema#240 ·

  • paramsSummaryLog: cannot cast String to Map
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100

    nextflow-io/nf-schema#239 · コメント 10 件 ·

  • Feature request: use `ParamSubstitution` in `default` field
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100

    nextflow-io/nf-schema#228 · リアクション 1 件 ·

  • Feature request: periodic progress logging during samplesheet validation
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

    nextflow-io/nf-schema#224 · コメント 2 件 ·

  • Add `writeToSamplesheet` option using the json schema
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

    nextflow-io/nf-schema#214 · コメント 1 件 ·

  • Feature: Publish methods as separate Maven package
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    feature request

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nextflow-io/nf-schema#203 · リアクション 1 件 ·

  • Clarify support for external $ref in nextflow_schema.json
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#202 · コメント 9 件 ·

  • Add `samplesheetToRecords` function
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    feature request

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    nextflow-io/nf-schema#196 ·

  • filter out containers from paramsSummaryLog
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#194 · コメント 1 件 ·

  • Comment out samplesheet line
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nextflow-io/nf-schema#193 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 ·

  • Expand numbers in scientific notation
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    nextflow-io/nf-schema#190 ·

  • Schema integrity check is not performed
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#187 · コメント 5 件 ·

  • Feature request: `samplesheetToMaps` function
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    feature request

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#186 · コメント 5 件 · リアクション 1 件 ·

  • Use `patternProperties` to match columns with a certain `prefix`
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 42/100

    nextflow-io/nf-schema#176 ·

  • Using --params-file command line option should raise an error but only a warning is raised
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#171 · コメント 2 件 ·

  • Top level `validate` function broken for `Path` type schema signature
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#169 ·

  • Support `patternProperties` for data/samplesheet validation
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#164 · コメント 3 件 ·

  • (non default) option to only warn when validating URL
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nextflow-io/nf-schema#161 · コメント 13 件 · 担当者 1 名 ·

  • Only fully empty column should be sanitised in CSV/TSV
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    nextflow-io/nf-schema#160 ·

  • samplesheetToList converting string values to integer in scientific notation
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    nextflow-io/nf-schema#153 · コメント 6 件 ·

  • Implement localization of descriptive fields
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#152 ·

  • required boolean parameter fails validation when set to false
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#143 · コメント 3 件 ·

  • `formatEntry` is broken when using `defs` in a samplesheet schema.
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

    nextflow-io/nf-schema#136 · コメント 6 件 ·

  • Cryptic error message when input schema file is missing
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

    nextflow-io/nf-schema#131 · コメント 1 件 ·

  • Add tests for cloud storage files
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#128 ·

  • Allow unspecified columns in samplesheet
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#126 · コメント 1 件 ·

  • Can we have a function to check spec version for the samplesheet?
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#125 · コメント 3 件 ·

  • No possibility to read a single sample in yaml format for now.
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 38/100

    nextflow-io/nf-schema#124 · コメント 2 件 ·

  • Warning message being created with nested parameters
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#119 · コメント 3 件 ·

  • Consider replacing `uniqueEntries` with the already standardised `uniqueKeys`
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nextflow-io/nf-schema#107 · コメント 4 件 ·

  • Parameter -resume doesn't work after --help execution
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#96 · コメント 9 件 ·

  • Improve docs with more 'applied' examples
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    documentation

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

    nextflow-io/nf-schema#94 · コメント 3 件 ·

  • improvement for error/warning message for wrong delimiter
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 38/100

    nextflow-io/nf-schema#88 ·

  • Add a `listToSamplesheet` function
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    feature request

    nextflow-io/nf-schema#87 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 ·

  • Idea: Validate parameters when the parameter has been changed
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    feature request

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nextflow-io/nf-schema#51 · コメント 9 件 · リアクション 1 件 ·

  • Add smarter typecasting to the samplesheet converter
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

    nextflow-io/nf-schema#50 ·

  • Make validateParameters function assigns (optionally) default values defined in the schema
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#35 · コメント 1 件 · リアクション 4 件 ·

  • Feature request: param concatenation into array
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nextflow-io/nf-schema#20 · コメント 1 件 ·

  • Class used in plugin can't be used in a `resume` run
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

    nextflow-io/nf-schema#23 · コメント 18 件 ·

  • Support workbook format
    対応中かも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nextflow-io/nf-schema#177 · コメント 3 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 ·

  • Check schema against meta-schema
    対応中かも オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 25/100

    nextflow-io/nf-schema#101 · コメント 2 件 ·

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