Question about DMR pair results
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Start by reviewing the documented output of modkit dmr pair, especially balance_map_pvalue, balance effect_size, and map_p_value when replicates are absent. Clarify whether these fields require replicates, how replicate counts affect p-values, and what filtering guidance exists for balance and non-balance results.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi,
I ran modkit dmr pair without replicates. Is it normal that no balance_map_pvalue and balance effect_size in my result bed file? Can we expect that the map_p_value will generally reduce when more replicates are included? And do you have any suggestion on the threshold for filtering map_pvalue (both the balance and non-balance)? like adjusted p<0.05. Thanks a lot.
Best,
Alvin
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 276
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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