Question about DMR pair results
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start by reviewing the documented output of modkit dmr pair, especially balance_map_pvalue, balance effect_size, and map_p_value when replicates are absent. Clarify whether these fields require replicates, how replicate counts affect p-values, and what filtering guidance exists for balance and non-balance results.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
I ran modkit dmr pair without replicates. Is it normal that no balance_map_pvalue and balance effect_size in my result bed file? Can we expect that the map_p_value will generally reduce when more replicates are included? And do you have any suggestion on the threshold for filtering map_pvalue (both the balance and non-balance)? like adjusted p<0.05. Thanks a lot.
Best,
Alvin
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 274
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
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