What does modkit extract calls do with reads that do not have a considered motif?
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Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- cli, documentation
Línea de trabajo
The entry point named in the issue is modkit extract calls --cpg; start by inspecting its documented behavior and the modkit log output for reads without the motif. Done means the documentation clearly states whether those reads are skipped, how that is reported, and whether omitting --cpg or changing Dorado's basecalling mode is required.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I think I know the answer to this, but what does extract calls do for reads that do not have the motif of interest?
Eg if I run modkit extract calls --cpg what happens if I have reads with no CG motif? Does it skip over the read and not report it? Do I have to check the modkit log file to see how many were skipped because of this reason? Is the correct way then to not use --cpg (and also call dorado using 5mC instead of 5mCG) if I want to grab all reads in that table?
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 274
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Aún no hemos revisado los archivos de configuración de este proyecto. Empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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