What does modkit extract calls do with reads that do not have a considered motif?
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 領域
- cli, documentation
調査の方向性
The entry point named in the issue is modkit extract calls --cpg; start by inspecting its documented behavior and the modkit log output for reads without the motif. Done means the documentation clearly states whether those reads are skipped, how that is reported, and whether omitting --cpg or changing Dorado's basecalling mode is required.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I think I know the answer to this, but what does extract calls do for reads that do not have the motif of interest?
Eg if I run modkit extract calls --cpg what happens if I have reads with no CG motif? Does it skip over the read and not report it? Do I have to check the modkit log file to see how many were skipped because of this reason? Is the correct way then to not use --cpg (and also call dorado using 5mC instead of 5mCG) if I want to grab all reads in that table?
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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