Large no. of reads go into "Nfail" column in pileup
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 30/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Start by reviewing the two attached P54log.txt files alongside the reported modkit pileup runs for modified bases a, h, and c. Reproduce the percentile and conservative-threshold cases if possible, then determine whether the high Nfail count is expected or indicates incorrect pileup behavior.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Dear authors,
I ran the modkit pileup command for modified bases a, h, and c. It appears that when I specify the 10th percentile threshold, I get an extremely low overall modification frequency (0.09%), since all mod probabilities are ~1. When I add a slightly conservative modification threshold, a large chunk of reads are going to the Nfail column.
I have added the log files for both runs of cytosine modifications.
Can you please advise as to what is the best way to move ahead in such a case?
Thank you!
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 274
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
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Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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