Large no. of reads go into "Nfail" column in pileup
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start by reviewing the two attached P54log.txt files alongside the reported modkit pileup runs for modified bases a, h, and c. Reproduce the percentile and conservative-threshold cases if possible, then determine whether the high Nfail count is expected or indicates incorrect pileup behavior.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Dear authors,
I ran the modkit pileup command for modified bases a, h, and c. It appears that when I specify the 10th percentile threshold, I get an extremely low overall modification frequency (0.09%), since all mod probabilities are ~1. When I add a slightly conservative modification threshold, a large chunk of reads are going to the Nfail column.
I have added the log files for both runs of cytosine modifications.
Can you please advise as to what is the best way to move ahead in such a case?
Thank you!
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 274
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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