Pileup in v6 not giving correct methylation versus the versions before
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Start with the pileup command and reproduce the reported difference using the provided BAM files with --modified-bases set to 5mC and 5hmC. Compare the v5 and v6 outputs and review the related workflow in issue #580. Done means pileup reports both modifications consistently with the expected result.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I have bam files which were obtained when I ran modified basecalling using guppy for 5mC, and 5hmC. I ran pileup in version 5, and it gave modifications for both m and h. When I ran the new pileup command, I am only getting modifications for m and not h. I have attached a comparison of the outputs below. In the new pileup command, I have specified 5mC and 5hmC in --modified-bases.
/ * old */
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 h 2 - 2376 2377 255,0,0 2 50.00 1 0 1 0 0 0 6
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 m 2 - 2376 2377 255,0,0 2 50.00 1 0 1 0 0 0 6
/* new */
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 h 1 - 2376 2377 255,0,0 1 0.00 0 0 1 0 1 0 6
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 m 1 - 2376 2377 255,0,0 1 100.00 1 0 0 0 1 0 6
Help would be appreciated @ArtRand. I can provide any other details if required. This workflow's other commands are mentioned in #580
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 276
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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