Pileup in v6 not giving correct methylation versus the versions before
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start with the pileup command and reproduce the reported difference using the provided BAM files with --modified-bases set to 5mC and 5hmC. Compare the v5 and v6 outputs and review the related workflow in issue #580. Done means pileup reports both modifications consistently with the expected result.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I have bam files which were obtained when I ran modified basecalling using guppy for 5mC, and 5hmC. I ran pileup in version 5, and it gave modifications for both m and h. When I ran the new pileup command, I am only getting modifications for m and not h. I have attached a comparison of the outputs below. In the new pileup command, I have specified 5mC and 5hmC in --modified-bases.
/ * old */
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 h 2 - 2376 2377 255,0,0 2 50.00 1 0 1 0 0 0 6
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 m 2 - 2376 2377 255,0,0 2 50.00 1 0 1 0 0 0 6
/* new */
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 h 1 - 2376 2377 255,0,0 1 0.00 0 0 1 0 1 0 6
Pv_Sal1_chr01 2376 2377 m 1 - 2376 2377 255,0,0 1 100.00 1 0 0 0 1 0 6
Help would be appreciated @ArtRand. I can provide any other details if required. This workflow's other commands are mentioned in #580
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 276
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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