Error when using script partial_noise_reconstruct.py
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Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- huggingface, python
Línea de trabajo
Empieza con bin/partial_noise_reconstruct.py, especialmente con load_dataset y get_reconstruction_error, y luego inspecciona foldingdiff/datasets.py alrededor de __get_pdb_fnames. Vuelve a ejecutar el comando mostrado con las dos entradas PDB y confirma que la carga del conjunto de datos se completa y que output.json se genera sin el TypeError.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hello,
It is a good idea to incorporate a script to produce variants from starting structures (aka. inpaiting). I was trying to run the script partial_noise_reconstruct.py but I got the following error:
$ python ../bin/partial_noise_reconstruct.py protein1.pdb protein2.pdb output.json
INFO:root:Detected huggingface repo ID wukevin/foldingdiff_cath
Fetching 6 files: 100%|█████████████████████| 6/6 [00:00<00:00, 23410.07it/s]
INFO:root:Using downloaded model at /home/tn/.cache/huggingface/hub/models--wukevin--foldingdiff_cath/snapshots/98d77b1e68468db5ca03cdba1c0a90f2a2a33edc
INFO:root:Loading dataset from 2 pdb files
INFO:root:Clean dataset class: <class 'foldingdiff.datasets.CathCanonicalAnglesOnlyDataset'>
Traceback (most recent call last):
File "../bin/partial_noise_reconstruct.py", line 132, in <module>
main()
File "../bin/partial_noise_reconstruct.py", line 116, in main
scores = get_reconstruction_error(
File "../bin/partial_noise_reconstruct.py", line 94, in get_reconstruction_error
dset = load_dataset(pdb_files, model)
File "../bin/partial_noise_reconstruct.py", line 34, in load_dataset
dset = clean_dset_class(
File "/home/tn/foldingdiff/foldingdiff/datasets.py", line 499, in __init__
super().__init__(*args, **kwargs)
File "/home/tn/foldingdiff/foldingdiff/datasets.py", line 123, in __init__
fnames = self.__get_pdb_fnames(pdbs)
File "/home/tn/foldingdiff/foldingdiff/datasets.py", line 238, in __get_pdb_fnames
if Path(pdbs).is_dir():
File "/home/tn/.conda/envs/foldingdiff/lib/python3.8/pathlib.py", line 1042, in __new__
self = cls._from_parts(args, init=False)
File "/home/tn/.conda/envs/foldingdiff/lib/python3.8/pathlib.py", line 683, in _from_parts
drv, root, parts = self._parse_args(args)
File "/home/tn/.conda/envs/foldingdiff/lib/python3.8/pathlib.py", line 667, in _parse_args
a = os.fspath(a)
TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not list
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- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 568
- Forks
- 74
- Merge medio
- 20 h 2 min
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- 1
Guía de contribución
Primeros pasos
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