lanl/PyBNF

Xem trên GitHub

An application for parameterization of biological models available in SBML and BNGL formats. Features include parallelization, metaheuristic optimization algorithms, and an adaptive Markov chain Monte Carlo (MCMC) sampling algorithm.

Star: 25
Fork: 25
Issue cho người mới đang mở: 3
Issue đã lập chỉ mục: 137
Merge trung bình: 2 giờ 26 phút
Pull request đã merge (30 ngày): 83

Ngôn ngữ chính: Python
Giấy phép: Không có dữ liệu giấy phép
Lần push lên GitHub gần nhất: 19/9/2026
Lập chỉ mục gần nhất: 18/9/2026
Hướng dẫn đóng góp: Hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử: Không có quy tắc ứng xử
Label cho người mới: Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Phù hợp cho người mới Tất cả

Đang mở Tất cả

Legacy model line: two .exp files with the same file name in different directories collapse to one key and the first is silently dropped Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#834 · Mở ngày 23/9/2026
An experiment name equal to another experiment's name plus a condition name collides in both exp_data and the simulation dict: one dataset is dropped and the other is scored against the wrong simulation Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#833 · Mở ngày 23/9/2026
NetModel silently ignores a condition/mutant perturbation of a parameter that the .net file stores as an expression (ConstantExpression) Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#832 · Mở ngày 23/9/2026
On the BioNetGen (BNG2.pl) backend, a synthesized parameter_scan leaves the scanned parameter at its last dose for every later experiment Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#831 · Mở ngày 23/9/2026
Synthesized experiments are not isolated: a pre-equilibration experiment's setParameter values and its saveConcentrations() snapshot carry into every experiment emitted after it Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#830 · Mở ngày 23/9/2026
RoadRunner SBML backend (the default) silently discards a fitted value that reaches the model through a parameter initialAssignment or through the initial value of a rate-rule parameter Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#829 · Mở ngày 23/9/2026
A prior with a zero scale (e.g. normal_var sd 0) is accepted; its log-prior is NaN everywhere, and MH then accepts every proposal, so the posterior ignores the data Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#828 · Mở ngày 23/9/2026
time_error quadrature is unbounded as sigma_t shrinks below the grid step, so a fitted sigma_t runs to its lower bound and the objective, lnL and AIC come out far too good Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#827 · Mở ngày 23/9/2026
noise_profiling + bootstrap: a profiled group whose points all get bootstrap weight 0 is left out of the value map, then read anyway (KeyError on every evaluation) Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#826 · Mở ngày 23/9/2026
Per-observable noise_model lines are silently ignored under the legacy non-likelihood objfuncs (sos, sod, norm_sos, ave_norm_sos, kl, direct_pass) and under objective = score Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#825 · Mở ngày 23/9/2026
Log-space linear profiling uses the design row 1/ln(base) on every point, including rows whose per-measurement placeholder binds a number rather than the coefficient, so it solves the wrong coefficient Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#824 · Mở ngày 23/9/2026
design_grid is reported as ignored for ordinary fits but still extends the simulated grid, and the extra rows change scores for cumulative and peak/floor-normalized observables Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#823 · Mở ngày 23/9/2026
kl and wasserstein ignore the per-point weights, so `bootstrap` with a column-joint objective refits the same data every replicate Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#822 · Mở ngày 23/9/2026
The information criteria of a smoothed stochastic fit are computed from single unsmoothed trajectories, not the smoothed average the fit and the confirmation stage score Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#821 · Mở ngày 23/9/2026
With time_error, the cumulative flag (and a `scale` normalization) is accepted but ignored: the marginal-time objective scores the raw simulated column Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#820 · Mở ngày 23/9/2026
The cumulative-to-incident transform differences against the previous SIMULATED row, not the previous measurement, so the prediction changes with the simulation grid Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#819 · Mở ngày 23/9/2026
A per-observable noise_model override or cumulative flag whose observable name matches no data column is silently ignored; that column is scored with the default noise model Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100

lanl/PyBNF#818 · Mở ngày 23/9/2026
A data column that matches no simulated column is dropped without an error on every evaluation after the first, so the fit completes having ignored it Đang mở

bug silent-incorrectness

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#817 · Mở ngày 23/9/2026
A transient error from the BioNetGen download turns a whole test matrix leg red before any test runs Đang mở

enhancement

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

lanl/PyBNF#816 · Mở ngày 23/9/2026
Scatter search registers in-flight parameter sets by position: a duplicate ends the fit, merges two reference members, and prints raw PSet reprs to the terminal Đang mở

bug

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

lanl/PyBNF#815 · Mở ngày 23/9/2026
CHANGELOG.md entries are too long to maintain, and their length is what makes every PR conflict expensive Đang mở

enhancement

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

lanl/PyBNF#809 · Mở ngày 23/9/2026
Equal lower and upper bounds are accepted (the check is `>` not `>=`): the zero-width box gives a nan log-prior that makes MCMC accept every proposal Đang mở

bug

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

lanl/PyBNF#808 · Mở ngày 23/9/2026
Concurrent PRs always conflict on CHANGELOG.md: add a union merge driver, and guards so a silent resolution cannot duplicate a section Đang mở

enhancement

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 70/100

lanl/PyBNF#800 · 2 bình luận · Mở ngày 22/9/2026
Move the BioNetGen reader and expression evaluator into a package shared with petab Đang mở

gated

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

lanl/PyBNF#796 · Mở ngày 22/9/2026
Dead code in the pt barrier: choose_new_pset cannot return None, so try_to_choose_new_pset's retry loop is single-pass and replica_exchange's whole None-branch is unreachable Đang mở

low priority minor tech debt

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 67/100

lanl/PyBNF#783 · Mở ngày 21/9/2026
`am` records its draws over two different windows: `samples.txt` starts at `burn_in`, the trajectories and `combined_params.txt` at `burn_in + adaptive` Đang mở

tech debt

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

lanl/PyBNF#772 · 2 bình luận · Mở ngày 18/9/2026
config_keys.rst has fallen behind the grammar: 64 of 200 accepted keys have no entry, and config.rst still presents it as the complete list Đang mở

documentation

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 74/100

lanl/PyBNF#765 · Mở ngày 18/9/2026
adaptive MCMC carries a rolling-buffer design that was reduced to a single slot: arr_length is a constant 1, factor is never incremented, and five conditions are always true Đang mở

tech debt

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

lanl/PyBNF#764 · Mở ngày 18/9/2026
Shrink the differential evolution population over the run, floored at the processor count (L-SHADE's population-size reduction) Đang mở

enhancement gated

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

lanl/PyBNF#699 · Mở ngày 14/9/2026
Port the BNGL parameter-expression evaluator to libpetab-python's BnglModel, then delete the staging copy Đang mở

gated low priority

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

lanl/PyBNF#681 · 1 bình luận · Mở ngày 10/9/2026
Experimental design should be able to average over an ensemble, not only compute at the best fit Đang mở

enhancement exploratory

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

lanl/PyBNF#669 · Mở ngày 25/8/2026
Investigate synthetic likelihood as a principled objective for stochastic models Đang mở

exploratory question

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 38/100

lanl/PyBNF#665 · Mở ngày 25/8/2026
Stop hopeless starts early in a multi-start fit instead of running every one to completion Đang mở

enhancement exploratory

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 45/100

lanl/PyBNF#662 · Mở ngày 25/8/2026
Investigate: ADR-0059 rejects simulator-path HMC on an unmeasured cost model ("~1x a solve per leapfrog") — measure it against the bngsim JAX bridge, and settle it with numbers either way Đang mở

exploratory question

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

lanl/PyBNF#576 · Mở ngày 14/8/2026
Structural identifiability as a pre-fit gate: decide symbolically whether a parameter can EVER be identified from these observables, instead of inferring it numerically from a flat profile Đang mở

enhancement exploratory

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

lanl/PyBNF#575 · Mở ngày 14/8/2026

lanl/PyBNF

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn