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ilastik

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ilastik
ilastik-shell, applets, and workflows to string them together.

Python · 408 estrellas
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Standalone marching cubes implementation and Python bindings

C++ · 101 estrellas
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Volume Slicing and Editing

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Tiktorch

Python · 12 estrellas
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Conda recipes for building ilastik dependencies.

Shell · 9 estrellas
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Fix common issues in Mach-O binaries for notarization

Python · 4 estrellas
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Python module for multi HYpotheses TRAcking

Python · 2 estrellas
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Scripts to update our published conda packages when our recipes have changed.

Python · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Multicut: wsdt: invert probabilities checkbox not deserialized Abierto

bug good first issue multicut serialization

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 70/100

ilastik/ilastik#3252 · Abierto el 24/9/2026
Object Classisification - multi-lane UI feature count after subset features off Abierto

gui objectClassification

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

ilastik/ilastik#3251 · Abierto el 24/9/2026
1.4.2 Linux bundle ships libglvnd without a vendor driver, no GL context on software-rendered remote desktops Abierto

awaiting_input ilastik-binary-dist os:linux

ilastik/ilastik#3242 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 25/8/2026
Carving: Show completed segments in 3D per default Abierto

carving feature-request gui

ilastik/ilastik#3239 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 7/8/2026
Carving: current object saved/loaded after committing object and saving project Abierto

bug carving

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

ilastik/ilastik#3238 · 1 comentario · Abierto el 7/8/2026
Opening ome-zarr (v0.4) in Ilastik failed change in level Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

ilastik/ilastik#3236 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 6/8/2026
Trying to overwrite locked project file corrupts it Abierto

bug shell

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

ilastik/ilastik#3235 · 1 comentario · Abierto el 6/8/2026
Update Carousel Screenshots Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

ilastik/ilastik.github.io#346 · 1 reacción · Abierto el 15/5/2026
Set channels for classification Abierto

feature-request

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

ilastik/ilastik#3209 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 9/5/2026
headless mode processing a specific resolution level Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 50/100

ilastik/ilastik#3208 · 3 comentarios · Abierto el 8/5/2026
Mobile app Abierto

feature-request

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/ilastik#3205 · 2 comentarios · Abierto el 30/4/2026
Rethink the use of the term "Applet" in the docs Abierto

Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 55/100

ilastik/ilastik.github.io#342 · 1 comentario · Abierto el 9/4/2026
NNWorkflow Progressbar when downloading goes over 100% sometimes Abierto

nnClassification

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

ilastik/ilastik#3166 · 7 comentarios · Abierto el 20/3/2026
ImageView2D_tests start getting flaky Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

ilastik/volumina#351 · Abierto el 16/3/2026
CI: add deploy to pypi in preparation for move to conda-forge Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

ilastik/tiktorch#240 · Abierto el 24/2/2026
Multicut: segmentation faults possible during block-wise watershed Abierto

bug cross-platform multicut

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3153 · 1 comentario · Abierto el 23/2/2026
Progress bar in batch processing is way off Abierto

batch good first issue gui

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

ilastik/ilastik#3151 · 7 comentarios · Abierto el 11/2/2026
Investigate pyqtgraph becoming not functional in ilastik since 0.14.0 Abierto

cross-platform dependencies

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 28/100

ilastik/ilastik#3149 · Abierto el 5/2/2026
Refactor/Rethink MetaDict: better documentation / type hints for standard keys Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/ilastik#3133 · 6 comentarios · Abierto el 12/1/2026
Axis units should use normalised terms Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ilastik/ilastik#3129 · 4 comentarios · Abierto el 9/1/2026
Histogram for adjusting levels from the button Abierto

ilastik/ilastik#3128 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 8/1/2026
Debugging the deployment pipeline / Disable pushes to main Abierto

CI discussion

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/ilastik#3123 · 1 comentario · Abierto el 22/12/2025
Any operator with a cache deep inside needs to implement `_setInSlot(...): pass`... Abierto

lazyflow

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/ilastik#3121 · Abierto el 22/12/2025
entitlements bundle missing some of Python's entitlements Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

ilastik/app-pass#18 · 1 comentario · Abierto el 15/12/2025
Add note about first startup times on win (and mac) to installation instructions Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

ilastik/ilastik.github.io#324 · Abierto el 20/11/2025
Prediction Mask allows float image (but then throws errors) Abierto

easyFix enhancement good first issue pixelClassification

ilastik/ilastik#3104 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 6/11/2025
Forward compatibility with new export formats Abierto

data-export

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

ilastik/ilastik#3100 · 2 comentarios · Abierto el 4/11/2025
Drange update fails in export op when adding small dataset Abierto

bug data-export data-selection

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

ilastik/ilastik#3097 · Abierto el 3/11/2025
Should prevent adding ome-zarr via "Add single file" Abierto

data-selection feature-request multiscale

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

ilastik/ilastik#3095 · 2 comentarios · Abierto el 31/10/2025
Tests: (rare?) segfault Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

ilastik/volumina#341 · Abierto el 13/10/2025
Window leveling does not work in Autocontext pixel classification at 2nd stage of training Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3083 · 2 comentarios · Abierto el 13/10/2025
deps: investigate recent pytorch-3Dunet changes, dependency updates Abierto

dependencies

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/ilastik#3079 · Abierto el 6/10/2025
Export dialog allows cropping to sizes that volumina can't handle Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ilastik/volumina#336 · Abierto el 26/9/2025
Add tda to docs start Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 50/100

ilastik/ilastik.github.io#321 · Abierto el 26/9/2025
Export image settings dialog cannot handle lanes with different axes Abierto

data-export

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

ilastik/ilastik#3071 · 3 comentarios · Abierto el 16/9/2025
Nickname for multiscales when path is given explicitly Abierto

easyFix good first issue multiscale

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3067 · 10 comentarios · Abierto el 9/9/2025
IndexError during Save Project As Abierto

data-selection

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3062 · 2 comentarios · Abierto el 28/8/2025
ilastik not showing images with current development env on linux Abierto

bug dependencies os:linux

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/ilastik#3054 · Abierto el 13/8/2025
openGL not working on linux, with certain dependencies (as in the current ilastik development env) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/volumina#331 · 3 comentarios · Abierto el 13/8/2025
Chore: remove cplex code paths from tracking Abierto

tracking

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3051 · Abierto el 8/8/2025
Tracking fails if there are empty frames Abierto

tracking

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3050 · Abierto el 7/8/2025
Can't adjust thresholds on float images Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

ilastik/volumina#329 · Abierto el 1/8/2025
Suggest Features - wrapper method - very slow Abierto

pixelClassification

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3046 · Abierto el 25/7/2025
ilastik crashes when starting neural network classification (local) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

ilastik/ilastik#3044 · 2 comentarios · Abierto el 16/7/2025
Assess impact of smaller antialiasing sigmas for large scaling steps Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

ilastik/ilastik#3037 · Abierto el 1/7/2025
zarr v3 support please Abierto

multiscale

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

ilastik/ilastik#3033 · 2 comentarios · Abierto el 20/6/2025
Fixing file paths during project load modifies ilp even in case of error Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

ilastik/ilastik#3031 · 1 reacción · Abierto el 20/6/2025
Force making a new .h5 file from cli or auto-remove h5 file Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

ilastik/ilastik#3030 · 1 comentario · Abierto el 13/6/2025
Wishlist: Features to utilise pixel sizes once available Abierto

feature-request

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

ilastik/ilastik#3029 · 3 comentarios · Abierto el 12/6/2025
Layer export defaults to ilastik executable path Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

ilastik/ilastik#3026 · 1 reacción · Abierto el 4/6/2025

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