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LSF/OpenLava template: Signal SIGINT by default to allow R to catch it gracefully

Aperta Adatta ai principianti
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Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
68/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
hpc, r
Ambito
distributed-systems

Direzione di ricerca

Inizia individuando il template predefinito di LSF/OpenLava e la gestione delle risorse wa e wt. Verifica che i valori predefiniti richiedano SIGINT 1 minuto prima del limite di esecuzione, mantenendo i valori forniti dall'utente; il lavoro è completato quando la submission generata usa questi valori predefiniti e gli override esistenti continuano a funzionare.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

feature/resources scheduler/lsf

When a job is approaching it's maximum run-time limit, LSF sends a SIGINT 10 seconds before sending a SIGKILL (abrupt; not capturable).

R code can handle the SIGINT, but the 10-second heads up might be a bit tight. To adjust this, we can use LSF options -wa <action> and -wt <minutes>, e.g. -wa INT -wt 1 will give us a 60-second heads up.

Idea

Update the default LSF template to signal SIGINT 60 seconds in advance. Something like:

<%
  ## Signal SIGINT 60 seconds (1 minute) before the run-time limit
  if (is.null(resources[["wa"]])) {
    resources[["wa"]] <- "INT"
  }
  if (is.null(resources[["wt"]])) {
    resources[["wt"]] <- 1
  }
%>
Lingua principale
R
Stelle
87
Fork
10
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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