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Exception when preparing an amplicon library with a 384 well plate

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
45/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
backend

Línea de trabajo

Empieza por gui/handlers/process_handlers/library_prep_16s_process.py en el handler post indicado y luego inspecciona db/process.py alrededor de create primer_layout. Reproduce el flujo de preparación con una placa de amplicones de 384 pocillos y placas de primers que no coincidan. Se considera terminado cuando el caso se gestiona mediante una validación explícita en lugar de producir el IndexError indicado; confirma la regla prevista para el tamaño de la placa antes de cambiar el comportamiento.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

bug priority:high

In my test environment, I have amplicon 384-well plates. It appears that the prepare amplicon libraries page is not presently validating that the primer plates have the same number of wells. I'm not sure if we ever want to do 384 well amplicon plates, but we may want to have validation here to disallow the user from doing something they shouldn't be able to do.

I can't remember if this is a duplicate or not -- it felt familiar but I didn't see an issue when flipping through.

prepare_16s_libraries

AN ERROR HAS OCCURED!
Please copy the following into an issue in our github repository

Error
list index out of range

Traceback
Traceback (most recent call last): 
File "/Users/dtmcdonald/miniconda3/envs/labcontrol/lib/python3.7/site-packages/tornado/web.py", line 1697, in _execute result = method(*self.path_args, **self.path_kwargs) 
File "/Users/dtmcdonald/miniconda3/envs/labcontrol/lib/python3.7/site-packages/tornado/web.py", line 3174, in wrapper return method(self, *args, **kwargs) 
File "/Users/dtmcdonald/ResearchWork/software/labman/labcontrol/gui/handlers/process_handlers/library_prep_16s_process.py", line 88, in post for pid, pn, pp, ep, ep300, ep50, mm, w in json_decode(plates_info) 
File "/Users/dtmcdonald/ResearchWork/software/labman/labcontrol/gui/handlers/process_handlers/library_prep_16s_process.py", line 88, in for pid, pn, pp, ep, ep300, ep50, mm, w in json_decode(plates_info) 
File "/Users/dtmcdonald/ResearchWork/software/labman/labcontrol/db/process.py", line 933, in create primer_layout[i][j].composition) 
IndexError: list index out of range
Lenguaje dominante
Python
Estrellas
2
Forks
15
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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