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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 58/100

  bedapub/sr-domain#1 · Abierto el 20/5/2026

• Missing reformat Binary File

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  bedapub/besca#386 · Abierto el 9/11/2025

• Multiple RNA-protein binding analysis on same dataset

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  bedapub/splicekit#104 · 1 asignado · Abierto el 22/9/2025

• bc.tl.rc.recluster() seems to calculate HVG from previous ones

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  bedapub/besca#384 · Abierto el 18/8/2025

• Inquiry About Integrating RBP Binding and Knockdown RNA-seq in Splicekit

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  bedapub/splicekit#100 · 42 comentarios · Abierto el 10/7/2025

• The dependent versions of anndata and scipy are too old

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  bedapub/besca#381 · 2 comentarios · Abierto el 22/4/2025

• Running commands directly from Snakemake, not via splicekit shell

  Quizá libre de nuevo @grexor la tomó hace 595 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/splicekit#96 · 1 asignado · Abierto el 4/3/2025

• One single config file

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  bedapub/splicekit#94 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 19/2/2025

• Dispersion plot

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  bedapub/splicekit#93 · 1 asignado · Abierto el 17/2/2025

• Generalize score generation and optimization

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  enhancement help wanted

  bedapub/designit#54 · 4 comentarios · 2 asignados · Abierto el 25/11/2024

• seaborn jointplot fails if passing multiple positional arguments

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  bedapub/besca#369 · Abierto el 7/11/2024

• bc.st.clr_normalize() fails

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  bedapub/besca#367 · Abierto el 6/11/2024

• Issue with sig.read_annotconfig in cell_type

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  bedapub/besca#363 · Abierto el 7/10/2024

• besca installation failure

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  bedapub/besca#347 · 1 comentario · Abierto el 10/8/2024

• error in bc.pl.riverplot_2categories() figsize param with besca253

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  bug

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

  bedapub/besca#346 · Abierto el 5/6/2024

• percent_mito in reality reflects the fraction not the pct

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  enhancement invalid

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  bedapub/besca#345 · Abierto el 4/6/2024

• Issue with tl.annotate_cells_cluster function

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  bedapub/besca#344 · Abierto el 30/5/2024

• `optimize_multi_plate_design` does not optimize within plate distribution of covariates

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  bedapub/designit#48 · 3 comentarios · Abierto el 2/5/2024

• mk_plate_scoring_functions doesn't need batch container as a first argument

  Quizá libre de nuevo @ingitwetrust la tomó hace 918 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/designit#47 · 1 asignado · Abierto el 15/4/2024

• new 10x mtx version

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  bedapub/besca#342 · 1 comentario · Abierto el 25/3/2024

• high memory consumption and nonetype error

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  bedapub/besca#341 · Abierto el 21/3/2024

• export accept_strict_improvement?

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  bedapub/designit#26 · 1 comentario · Abierto el 3/10/2023

• LFS quota exceeded

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  bedapub/besca#323 · 27 comentarios · Abierto el 31/8/2023

• Allow flavor selection in `bc.st.highly_variable_genes()`

  Quizá libre de nuevo @swalpe la tomó hace 1155 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  enhancement std workflow

  bedapub/besca#320 · 1 asignado · Abierto el 22/8/2023

• Move to poetry as a dependency manager

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  bedapub/besca#317 · Abierto el 8/8/2023

• `use_raw=False` not working in bc.tl.sig.combined_signature_score( )

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  bug

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 50/100

  bedapub/besca#312 · Abierto el 18/7/2023

• env yaml file

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  bedapub/besca#298 · 2 comentarios · Abierto el 1/6/2023

• Mapped read files are empty

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  bedapub/HBVouroboros#43 · 1 comentario · Abierto el 23/5/2023

• Check whether all required information is shown in the HTML report

  Quizá libre de nuevo @Accio la tomó hace 1267 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/HBVouroboros#41 · 1 asignado · Abierto el 2/5/2023

• Change Rplot.R to python code

  Quizá libre de nuevo @Accio la tomó hace 1267 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/HBVouroboros#40 · 1 asignado · Abierto el 2/5/2023

• Issues to be solved before publication

  Quizá libre de nuevo @lippunej la tomó hace 1267 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/HBVouroboros#39 · 1 asignado · Abierto el 2/5/2023

• Test case for within plate optimization

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  bedapub/designit#21 · Abierto el 18/4/2023

• optimize_design(scoring_f = ..., shuffle_by = c(plate))

  Quizá libre de nuevo @ingitwetrust la tomó hace 1181 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/designit#16 · 1 asignado · Abierto el 14/4/2023

• optimize_design(scoring_f=..., groupby = c(plate))

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

  bedapub/designit#15 · Abierto el 14/4/2023

• getHumanOrthologs error

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  bedapub/ribiosAnnotation#7 · 3 comentarios · Abierto el 30/3/2023

• annotateGeneSymbols, annotateRefSeqs, and annotateAnyIDs are not working

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  bedapub/ribiosAnnotation#6 · Abierto el 16/1/2023

• Storing public data sets in installation directory is problematic

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  bedapub/besca#272 · Abierto el 4/1/2023

• KeyError: 'base' when using bc.tl.dge.get_de() or bc.st.additional_labeling()

  Quizá libre de nuevo @kohleman la tomó hace 1405 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/besca#271 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 14/12/2022

• Calculate degrees of freedom of error variance

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  enhancement help wanted

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  bedapub/designit#12 · Abierto el 12/12/2022

• Save design generating information

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  enhancement help wanted

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  bedapub/designit#10 · Abierto el 24/11/2022

• Remove duplicated log messages

  Quizá libre de nuevo @kohleman la tomó hace 1435 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bedapub/besca#265 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 15/11/2022

• REST API with plumber

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  enhancement question

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  bedapub/designit#9 · Abierto el 10/11/2022

• Extend constraints

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  question

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  bedapub/designit#7 · Abierto el 21/10/2022

• slurmEdgeR throws an error if overwrite is "overwrite" and directory does not exist

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  bedapub/ribiosNGS#9 · Abierto el 29/3/2022

• Upgrading plot functions with axes

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  enhancement good first issue

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

  bedapub/besca#188 · Abierto el 20/12/2021

• figure size for celllabel_quant_stackedbar

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

  bedapub/besca#181 · 1 comentario · Abierto el 1/11/2021

• Additional parameters `min_fract_pos` and `min_cells_per_group` in perform_dge()

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  enhancement

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  bedapub/besca#180 · Abierto el 25/10/2021

• Getting started guide and interactive notebooks

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  documentation for future

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

  bedapub/besca#177 · Abierto el 8/10/2021

• Add Actions for Windows

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  bedapub/ribiosGSEA#5 · Abierto el 29/9/2021

• Pending improvements in the Silhouette Computation function

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  enhancement

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  bedapub/besca#171 · Abierto el 17/8/2021