System cannot find the path specified when spike-sorting multi-shank probes
Los mantenedores suelen responder en 1 día
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Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 76/100
Línea de trabajo
Empieza en runsorter.py y compara la creación de directorios en run_sorter_container con _run_sorter_by_dict, centrándote en el argumento parents que falta en .mkdir(). Reproduce el problema ejecutando si.run_sorter() en una grabación con varios shanks y comprueba la creación de la carpeta de salida; se considera terminado cuando la llamada funciona sin crear manualmente las carpetas superiores y se mantiene el comportamiento existente con un solo shank.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
When I try to spike-sort NP2.0 four shank probes I get a FileNotFoundError (system cannot find the path specified). This is due to the parents argument in .mkdir(). In runsorter.py, run_sorter_container creates the parent folders, but in _run_sorter_by_dict this argument is missing: folder.mkdir(exist_ok=remove_existing_folder) and parents = False by default. Is this intended? If yes, I would need to create output folders myself before calling si.run_sorter() on my multishank recording, which isn't the case when I process single shanks.
If I patch this by adding parents = True in _run_sorter_by_dict() everything runs fine so far.
Thank you!
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 870
- Forks
- 284
- Merge medio
- 3 d 1 h
- PR fusionados (30 d)
- 41
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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