System cannot find the path specified when spike-sorting multi-shank probes
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評価
調査の方向性
runsorter.pyから始め、run_sorter_containerと_run_sorter_by_dictのディレクトリ作成を比較し、.mkdir()にparents引数がない点に注目してください。複数シャンクの記録に対してsi.run_sorter()を実行して再現し、出力フォルダーの作成を確認してください。親フォルダーを手動で作成しなくても呼び出しが機能し、既存の単一シャンク時の動作が保たれれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
When I try to spike-sort NP2.0 four shank probes I get a FileNotFoundError (system cannot find the path specified). This is due to the parents argument in .mkdir(). In runsorter.py, run_sorter_container creates the parent folders, but in _run_sorter_by_dict this argument is missing: folder.mkdir(exist_ok=remove_existing_folder) and parents = False by default. Is this intended? If yes, I would need to create output folders myself before calling si.run_sorter() on my multishank recording, which isn't the case when I process single shanks.
If I patch this by adding parents = True in _run_sorter_by_dict() everything runs fine so far.
Thank you!
- 主要言語
- Python
- スター
- 870
- フォーク
- 284
- 平均マージ
- 3日 1時間
- マージ済み PR（30日）
- 41
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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