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SQLite console opens (0.1.7)

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python, sqlite
Área
cli, database

Línea de trabajo

Comienza reproduciendo semsql make mirror/doid.db en la versión 0.1.7 e inspecciona la canalización de SQLite generada alrededor de los comandos sqlite3 mostrados en el registro. Rastrea por qué la consola sigue siendo interactiva y, después, verifica que el comando automatizado finaliza y que los comandos encadenados con ; o && continúan sin requerir Ctrl+D ni congelar el terminal.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Overview

When using semsql, the SQLite console opens. I need to exit it manually in order for the command to continue. Since this is running in a pipeline that is meant to be automated, I shouldn't use semsql until I can fix this.

Log

Problem beings at sqlite>:

sh [run.sh](http://run.sh/) semsql make mirror/doid.db; beep
cat /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//sql_schema/semsql.sql | sqlite3 .template.db.tmp && \
sqlite3 -echo .template.db.tmp -cmd ".mode csv" -cmd ".import /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//prefixes/prefixes.csv prefix" -cmd ".exit" && \
mv .template.db.tmp .template.db
SQLite version 3.37.2 2022-01-06 13:25:41
Enter ".help" for usage hints.
sqlite>

relation-graph --disable-owl-nothing true \
                       --ontology-file mirror/doid.owl\
                       --output-file mirror/doid-relation-graph.tsv.ttl.tmp \
                       --equivalence-as-subclass true \
               --output-subclasses true \
                       --reflexive-subclasses true && \
riot --out RDFXML mirror/doid-relation-graph.tsv.ttl.tmp > mirror/doid-relation-graph.tsv.owl.tmp && \
sqlite3 mirror/doid-relation-graph.tsv.db.tmp -cmd ".mode csv" ".import /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//prefixes/prefixes.csv prefix" && \
rdftab mirror/doid-relation-graph.tsv.db.tmp < mirror/doid-relation-graph.tsv.owl.tmp && \
sqlite3 mirror/doid-relation-graph.tsv.db.tmp -cmd '.separator "\t"' -cmd '.header on' "SELECT subject,predicate,object FROM statements " > mirror/doid-relation-graph.tsv.tmp && \
mv mirror/doid-relation-graph.tsv.tmp mirror/doid-relation-graph.tsv && \
rm mirror/doid-relation-graph.tsv.*.tmp
ls
2022.08.10 14:30:55:858 zio-default-async-1 INFO org.renci.relationgraph.Main.program:57
    Running reasoner
2022.08.10 14:31:01:715 zio-default-async-1 INFO org.renci.relationgraph.Main.program:60
    Done running reasoner
2022.08.10 14:31:27:450 zio-default-async-4 INFO org.renci.relationgraph.Main.program:70
    Computed relations in 25.638s
beep
cp .template.db mirror/doid.db.tmp && \
rdftab mirror/doid.db.tmp < mirror/doid.owl && \
sqlite3 mirror/doid.db.tmp -cmd '.separator "\t"' ".import mirror/doid-relation-graph.tsv entailed_edge" && \
gzip mirror/doid-relation-graph.tsv && \
cat /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//indexes/*.sql | sqlite3 mirror/doid.db.tmp && \
mv mirror/doid.db.tmp mirror/doid.db

Additional information

Version: 0.1.7: Using this version because I'm not currently able to use the next highest version, 0.2.0.

I have to exit using Ctrl+D. @hrshdhgd Do you happen to have this issue? Do you know of any other way to exit the SQLite console? Also, this causes a bug if I have a chained command, where my terminal window freezes and I have to close it. For example, I'm doing semsql make mirror/doid.db; beep. The ; beep part makes a sound after running so I know it's done. But if there is a ; or an && and I use Ctrl+D to exit the console, instead of it continuing, my terminal freezes at this point.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
70
Forks
7
Merge medio
4 h 18 min
PR fusionados (30 d)
1

Preparar el entorno

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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