SQLite console opens (0.1.7)
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách tái hiện semsql make mirror/doid.db trên phiên bản 0.1.7 và kiểm tra pipeline SQLite được tạo ra xung quanh các lệnh sqlite3 hiển thị trong log. Truy tìm lý do console vẫn ở chế độ tương tác, sau đó xác minh rằng lệnh tự động hoàn tất và các lệnh được nối bằng ; hoặc && tiếp tục chạy mà không yêu cầu Ctrl+D hoặc làm terminal bị treo.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Overview
When using semsql, the SQLite console opens. I need to exit it manually in order for the command to continue. Since this is running in a pipeline that is meant to be automated, I shouldn't use semsql until I can fix this.
Log
Problem beings at sqlite>:
sh [run.sh](http://run.sh/) semsql make mirror/doid.db; beep
cat /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//sql_schema/semsql.sql | sqlite3 .template.db.tmp && \
sqlite3 -echo .template.db.tmp -cmd ".mode csv" -cmd ".import /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//prefixes/prefixes.csv prefix" -cmd ".exit" && \
mv .template.db.tmp .template.db
SQLite version 3.37.2 2022-01-06 13:25:41
Enter ".help" for usage hints.
sqlite>
relation-graph --disable-owl-nothing true \
--ontology-file mirror/doid.owl\
--output-file mirror/doid-relation-graph.tsv.ttl.tmp \
--equivalence-as-subclass true \
--output-subclasses true \
--reflexive-subclasses true && \
riot --out RDFXML mirror/doid-relation-graph.tsv.ttl.tmp > mirror/doid-relation-graph.tsv.owl.tmp && \
sqlite3 mirror/doid-relation-graph.tsv.db.tmp -cmd ".mode csv" ".import /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//prefixes/prefixes.csv prefix" && \
rdftab mirror/doid-relation-graph.tsv.db.tmp < mirror/doid-relation-graph.tsv.owl.tmp && \
sqlite3 mirror/doid-relation-graph.tsv.db.tmp -cmd '.separator "\t"' -cmd '.header on' "SELECT subject,predicate,object FROM statements " > mirror/doid-relation-graph.tsv.tmp && \
mv mirror/doid-relation-graph.tsv.tmp mirror/doid-relation-graph.tsv && \
rm mirror/doid-relation-graph.tsv.*.tmp
ls
2022.08.10 14:30:55:858 zio-default-async-1 INFO org.renci.relationgraph.Main.program:57
Running reasoner
2022.08.10 14:31:01:715 zio-default-async-1 INFO org.renci.relationgraph.Main.program:60
Done running reasoner
2022.08.10 14:31:27:450 zio-default-async-4 INFO org.renci.relationgraph.Main.program:70
Computed relations in 25.638s
beep
cp .template.db mirror/doid.db.tmp && \
rdftab mirror/doid.db.tmp < mirror/doid.owl && \
sqlite3 mirror/doid.db.tmp -cmd '.separator "\t"' ".import mirror/doid-relation-graph.tsv entailed_edge" && \
gzip mirror/doid-relation-graph.tsv && \
cat /usr/local/lib/python3.10/dist-packages/semsql/builder//indexes/*.sql | sqlite3 mirror/doid.db.tmp && \
mv mirror/doid.db.tmp mirror/doid.db
Additional information
Version: 0.1.7: Using this version because I'm not currently able to use the next highest version, 0.2.0.
I have to exit using Ctrl+D. @hrshdhgd Do you happen to have this issue? Do you know of any other way to exit the SQLite console? Also, this causes a bug if I have a chained command, where my terminal window freezes and I have to close it. For example, I'm doing semsql make mirror/doid.db; beep. The ; beep part makes a sound after running so I know it's done. But if there is a ; or an && and I use Ctrl+D to exit the console, instead of it continuing, my terminal freezes at this point.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 70
- Fork
- 7
- Merge trung bình
- 4 giờ 18 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của INCATools/semantic-sql
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
INCATools/semantic-sql#124 ·
-
Migrate direct raw-S3 bbop-sqlite consumers to the semanticsql CDNCó thể làm lại được @caufieldjh đã nhận 91 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởhelp wanted
INCATools/semantic-sql#115 · 7 bình luận · 1 người được giao ·
-
[bot] Cut a semsql release including the semanticsql.berkeleybop.io defaultCó thể làm lại được @caufieldjh đã nhận 91 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởenhancement
INCATools/semantic-sql#114 · 2 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
-
enhancement
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
INCATools/semantic-sql#111 · 1 bình luận ·
-
Integrate ENERO Foundry ontologies into Semantic-SQLCó thể đã có người làm @cmungall đã nhận 197 ngày trước. Đang mởenhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
INCATools/semantic-sql#107 ·
Tất cả issue của INCATools/semantic-sql
Issue tương tự
-
effort: low prio: low ready
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
digitalfabrik/integreat-cms#4616 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 5 ngày
-
bug difficulty:2 good first issue help wanted
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
MakazhanAlpamys/Soup#1865 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
FinanceFlash/unvibecode#233 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
area: agents area: docs good first issue
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
openapi/gknowledge#23 ·
-
useless-suppression reported for deprecated-* messages that should be exemptCó thể đã có người làm @adityasinha-ghub đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
pylint-dev/pylint#11656 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày