DiODeProject/MuMoT

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Multiscale Modelling Tool - mathematical modelling without the maths

Estrellas: 24
Forks: 5
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 59

Lenguaje dominante: Python
Licencia: GPL-3.0
Último push a GitHub: 18/3/2022
Última indexación: 15/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: help wanted good first issue
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Add CFF file to make it easier for others to cite MuMoT Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#412 · 1 comentario · Abierto el 28/7/2021
Changing visualisation type of MuMoTstochasticSimulationViews through GUI causes plot deformations (squeezing) Abierto

bug

DiODeProject/MuMoT#409 · 1 asignado · Abierto el 29/6/2020
Intermittently hitting cell execution timeout of 120 seconds Abierto

bug testing

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

DiODeProject/MuMoT#407 · 2 comentarios · Abierto el 2/6/2020
Use of bare 'except:' is bad Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

DiODeProject/MuMoT#387 · 1 comentario · Abierto el 14/2/2020
Multicontroller do not accept some of the plotting parameters that normal controllers support Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

DiODeProject/MuMoT#385 · Abierto el 14/2/2020
Do not suppress tracebacks when running 'test' notebooks via nbval Abierto

enhancement testing

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#384 · 3 comentarios · Abierto el 10/2/2020
Configure logging via 'logging' module Abierto

enhancement testing

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#383 · Abierto el 10/2/2020
model2.showODEs(method='vanKampen') -> IndexError: list index out of range Abierto

bug testing

DiODeProject/MuMoT#377 · 7 comentarios · 2 asignados · Abierto el 3/2/2020
Switch to using matplotlib's object-oriented API Abierto

enhancement question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#367 · 1 comentario · Abierto el 1/10/2019
Reduce runtime of CI jobs? Abierto

enhancement question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

DiODeProject/MuMoT#366 · Abierto el 1/10/2019
Muticontroller plot warning Abierto

warning

DiODeProject/MuMoT#355 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 28/9/2019
Multicontrollers missing some advanced options Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

DiODeProject/MuMoT#353 · Abierto el 27/9/2019
Clean exceptions Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#352 · 3 comentarios · Abierto el 27/9/2019
Add unit tests Abierto

testing

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#339 · Abierto el 20/8/2019
Visualise noise in 3d stream plot Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#336 · 2 asignados · Abierto el 9/8/2019
Document 1d and 3d stream plots Abierto

documentation

DiODeProject/MuMoT#335 · 1 asignado · Abierto el 9/8/2019
Replace global var figcounter with matplotlib.pyplot.get_fignums()? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#333 · 1 comentario · Abierto el 9/8/2019
1d stream plot does not appear in full after re-generation using sliders Abierto

bug help wanted

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

DiODeProject/MuMoT#329 · Abierto el 23/7/2019
Add type hints Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

DiODeProject/MuMoT#328 · Abierto el 23/7/2019
Update contributors Abierto

documentation

DiODeProject/MuMoT#327 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 22/7/2019
Enhance random walk computation Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#326 · 1 asignado · Abierto el 22/7/2019
Test suite: run all notebooks in one or more dirs rather than explicitly named notebooks Abierto

enhancement testing

DiODeProject/MuMoT#325 · 9 comentarios · 1 asignado · Abierto el 17/7/2019
Greek letters should be used consistently in all functions Abierto

DiODeProject/MuMoT#324 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 2/7/2019
Consider pointing binder icon to latest release branch Abierto

documentation enhancement question

DiODeProject/MuMoT#320 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 4/4/2019
Consider DOI release assignment strategy Abierto

documentation question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

DiODeProject/MuMoT#319 · 1 comentario · Abierto el 4/4/2019
Implement custom download results widget Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#308 · Abierto el 22/3/2019
Enable result download for non-stochastic simulation views Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#305 · Abierto el 21/3/2019
Check advanced multicontroller bookmarks Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

DiODeProject/MuMoT#292 · Abierto el 4/3/2019
aggregateResults toggle in MuMoTfieldController should only trigger replotting without re-computing all data Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

DiODeProject/MuMoT#284 · Abierto el 28/2/2019
MuMoTfieldController should include the toggle 'plotProportions' as most other controllers do Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#283 · Abierto el 28/2/2019
showNoise in MuMoTfieldControllers should be treated as all other parameters and a widget created accordingly Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#282 · Abierto el 28/2/2019
remove MuMoTcontroller._plotLimitsWidget and use the self._widgetsExtraParams['plotLimits'] Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

DiODeProject/MuMoT#281 · 4 comentarios · Abierto el 28/2/2019
Implement more sophisticated analytic and numerical noise solutions / approximations Abierto

enhancement help wanted

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

DiODeProject/MuMoT#251 · Abierto el 11/1/2019
Implement model cell bookmarking Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#244 · Abierto el 19/12/2018
Bifurcation() fails to find all branches Abierto

help wanted question

DiODeProject/MuMoT#228 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 26/11/2018
SSA multiple runs plots: change box plots for shaded confidence intervals Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#227 · 1 asignado · Abierto el 26/11/2018
Expand options for types of graphs in multiagent() network topology Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#226 · 1 asignado · Abierto el 26/11/2018
Feature request: support for 2-simplex (ternary) plot Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#225 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 26/11/2018
Feature request: create and save animated gif of multiagent or SSA runtime plots Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#224 · 1 asignado · Abierto el 26/11/2018
Allow substitute() to perform simple reactants scaling and time scaling Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#222 · 1 asignado · Abierto el 26/11/2018
Stream lines shading should be scaled to avoid barely visible stream lines Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#218 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 26/11/2018
Add figures based on parameter sweeps of numerical simulations Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

DiODeProject/MuMoT#212 · Abierto el 25/10/2018
Use parser library in parseModel Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#199 · 1 comentario · Abierto el 10/10/2018
Readthedocs should open external sites in new browser windows Abierto

documentation enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 42/100

DiODeProject/MuMoT#198 · 2 comentarios · Abierto el 10/10/2018
Use nbval to perform regression testing on MuMoTtest.ipynb Abierto

enhancement testing

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

DiODeProject/MuMoT#187 · Abierto el 10/10/2018
Add plot of noise spectrum from noise solutions Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#165 · 1 asignado · Abierto el 2/8/2018
LaTeX in output cells slow to render Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#162 · Abierto el 1/8/2018
Allow for creating models from Python strings Abierto

enhancement good first issue

DiODeProject/MuMoT#156 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 25/7/2018
Allow multicontrollers to encapsulate multiple models Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#141 · 1 asignado · Abierto el 9/6/2018
The dropdown widget of MuMoTstochasticSimulationController for the Final distribution visualisation does not render latex correctly Abierto

wontfix

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

DiODeProject/MuMoT#136 · 1 comentario · Abierto el 26/5/2018

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