Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

warning: bad chrom

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
30/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
c
Área
data, tooling

Línea de trabajo

Comienza comparando los campos de cromosoma y posición de Merged.snp, incluida la entrada Sca100 rechazada, con el formato de entrada esperado por smartpca. Comprueba la coherencia de smartpca.params.txt y de las cabeceras de Merged.geno/Merged.ind; se considera terminado cuando se haya identificado la causa de las advertencias sobre cromosomas incorrectos y del error fatal, junto con una corrección reproducible o instrucciones claras sobre el formato de entrada.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

I have the following error:

parameter file: smartpca.params.txt

THE INPUT PARAMETERS

##PARAMETER NAME: VALUE
genotypename: Merged.geno
snpname: Merged.snp
indivname: Merged.ind
evecoutname: Merged.pca.evec.txt
evaloutname: Merged.pca.eval.txt
poplistname: pop.txt
lsqproject: YES
numoutevec: 10
numthreads: 12
numoutliter: 0

smartpca version: 16000

norm used

lsqproject used
warning: bad chrom: Chr1:24 Chr1 0.0 24 A G
warning: bad chrom: Chr1:25 Chr1 0.0 25 G A
warning: bad chrom: Chr1:55 Chr1 0.0 55 G A
warning: bad chrom: Chr1:59 Chr1 0.0 59 A C
warning: bad chrom: Chr1:86 Chr1 0.0 86 A G
warning: bad chrom: Chr1:111 Chr1 0.0 111 G A
warning: bad chrom: Chr1:116 Chr1 0.0 116 A C
warning: bad chrom: Chr1:123 Chr1 0.0 123 G T
warning: bad chrom: Chr1:143 Chr1 0.0 143 G C
warning: bad chrom: Chr1:151 Chr1 0.0 151 T C
fatalx:
bad chrom: Sca100
/var/spool/slurmd/job11595754/slurm_script: line 14: 48503 Aborted smartpca -p smartpca.params.txt

The following are the heads of my .geno, .snp, and .ind files:

Merged.geno:

000000000000292220222222222200002002222292229
222222222022292922222222222222022222222292229
222222222292292222222222222222222222222222202
222222222222292222292222222222222222202222222
222222222222222222000002222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222022222
222222222222222222202222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222202
222222222222202222222222222222222222222222222
222222222222202022222222220222222222222222222

Merged.ind

AL-5_28-1_S10_L001-1 U BTH
AL-5_29-4_S9_L001-1 U BTH
AL2_7_7_10_S15_L002-1 U BTH
AL2_7_7_1_S14_L002-1 U BTH
AL2_7_7_20_S26_L002-1 U BTH
AL2_7_7_2_S25_L002-1 U BTH
AL2_7_7_5_S29_L002-1 U BTH
AL3_7_3_10_S34_L002-1 U BTH
AL4_7_9_2_S46_L002-1 U BTH
AL5_7_10_12_S49_L002-1 U BTH

Merged.snp

Chr1:24 Chr1 0.0 24 A G
Chr1:25 Chr1 0.0 25 G A
Chr1:55 Chr1 0.0 55 G A
Chr1:59 Chr1 0.0 59 A C
Chr1:86 Chr1 0.0 86 A G
Chr1:111 Chr1 0.0 111 G A
Chr1:116 Chr1 0.0 116 A C
Chr1:123 Chr1 0.0 123 G T
Chr1:143 Chr1 0.0 143 G C
Chr1:151 Chr1 0.0 151 T C

Lenguaje dominante
C
Estrellas
236
Forks
76
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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