warning: bad chrom
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评估
调研方向
首先将 Merged.snp 中的染色体字段和位置字段（包括被拒绝的 Sca100 条目）与 smartpca 预期的输入格式进行比较。检查 smartpca.params.txt 以及 Merged.geno/Merged.ind 的头部是否一致；完成标准是确定染色体错误警告和致命错误的原因，并给出可复现的修正方案或明确的输入格式指导。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
I have the following error:
parameter file: smartpca.params.txt
THE INPUT PARAMETERS
##PARAMETER NAME: VALUE
genotypename: Merged.geno
snpname: Merged.snp
indivname: Merged.ind
evecoutname: Merged.pca.evec.txt
evaloutname: Merged.pca.eval.txt
poplistname: pop.txt
lsqproject: YES
numoutevec: 10
numthreads: 12
numoutliter: 0
smartpca version: 16000
norm used
lsqproject used
warning: bad chrom: Chr1:24 Chr1 0.0 24 A G
warning: bad chrom: Chr1:25 Chr1 0.0 25 G A
warning: bad chrom: Chr1:55 Chr1 0.0 55 G A
warning: bad chrom: Chr1:59 Chr1 0.0 59 A C
warning: bad chrom: Chr1:86 Chr1 0.0 86 A G
warning: bad chrom: Chr1:111 Chr1 0.0 111 G A
warning: bad chrom: Chr1:116 Chr1 0.0 116 A C
warning: bad chrom: Chr1:123 Chr1 0.0 123 G T
warning: bad chrom: Chr1:143 Chr1 0.0 143 G C
warning: bad chrom: Chr1:151 Chr1 0.0 151 T C
fatalx:
bad chrom: Sca100
/var/spool/slurmd/job11595754/slurm_script: line 14: 48503 Aborted smartpca -p smartpca.params.txt
The following are the heads of my .geno, .snp, and .ind files:
Merged.geno:
000000000000292220222222222200002002222292229
222222222022292922222222222222022222222292229
222222222292292222222222222222222222222222202
222222222222292222292222222222222222202222222
222222222222222222000002222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222022222
222222222222222222202222222222222222222222222
222222222222222222222222222222222222222222202
222222222222202222222222222222222222222222222
222222222222202022222222220222222222222222222
Merged.ind
AL-5_28-1_S10_L001-1 U BTH
AL-5_29-4_S9_L001-1 U BTH
AL2_7_7_10_S15_L002-1 U BTH
AL2_7_7_1_S14_L002-1 U BTH
AL2_7_7_20_S26_L002-1 U BTH
AL2_7_7_2_S25_L002-1 U BTH
AL2_7_7_5_S29_L002-1 U BTH
AL3_7_3_10_S34_L002-1 U BTH
AL4_7_9_2_S46_L002-1 U BTH
AL5_7_10_12_S49_L002-1 U BTH
Merged.snp
Chr1:24 Chr1 0.0 24 A G
Chr1:25 Chr1 0.0 25 G A
Chr1:55 Chr1 0.0 55 G A
Chr1:59 Chr1 0.0 59 A C
Chr1:86 Chr1 0.0 86 A G
Chr1:111 Chr1 0.0 111 G A
Chr1:116 Chr1 0.0 116 A C
Chr1:123 Chr1 0.0 123 G T
Chr1:143 Chr1 0.0 143 G C
Chr1:151 Chr1 0.0 151 T C
- 主要语言
- C
- 星标
- 236
- 派生
- 76
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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