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Handle worker abort better

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
distributed-systems

Línea de trabajo

Start by reproducing the bplapply(1:2, (...) q()) example and trace how BiocParallel handles a worker that does not deliver a result. Done means the abort produces an understandable user-facing error rather than the reducer$value.cache environment-subassignment error.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

When a worker aborts (e.g., out of memory?) the result is an error in BiocParallel code, rather than an error understandable by the user.

> bplapply(1:2, \(...) q())
Error in reducer$value.cache[[as.character(idx)]] <- values :
  wrong args for environment subassignment
In addition: Warning message:
In parallel::mccollect(wait = FALSE, timeout = 1) :
  1 parallel job did not deliver a result
Lenguaje dominante
R
Estrellas
69
Forks
32
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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