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samtools
7 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
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samtools
Tools (written in C using htslib) for manipulating next-generation sequencing data
C · 1963 Sterne
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htslib
C library for high-throughput sequencing data formats
C · 953 Sterne
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bcftools
This is the official development repository for BCFtools. See installation instructions and other documentation here http://samtools.gith...
C · 895 Sterne
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hts-specs
Specifications of SAM/BAM and related high-throughput sequencing file formats
TeX · 714 Sterne
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htsjdk
A Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats.
Java · 303 Sterne
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htscodecs
Custom compression for CRAM and others.
C · 40 Sterne
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www.htslib.org
The http://www.htslib.org/ web site
HTML · 9 Sterne
Issues, an denen vielleicht schon jemand arbeitet, stehen am Ende. Alles nach Datum anzeigen
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 88/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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sam sam-tags
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 40/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 88/100
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Schwierigkeit 1/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 92/100
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Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 88/100
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vcf
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100
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mpileup + Varscan2 issue samtools 1.24Evtl. wieder frei @daviesrob hat das vor 31 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/samtools#2375 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person ·
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samtools consensus uses so much memory it is unable to completeEvtl. wieder frei @daviesrob hat das vor 31 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/samtools#2374 · 15 Kommentare · 1 zugewiesene Person ·
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cram
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 70/100
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htsget
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100
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vcf
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 45/100
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sam
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 55/100
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vcf
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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[merge] fix primary alignment flagEvtl. wieder frei @jkbonfield hat das vor 59 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/samtools#2359 · 9 Kommentare · 1 zugewiesene Person ·
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Schwierigkeit 2/5 Ein halber Tag Anfängerfreundlichkeit 82/100
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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Error in VCF test filesOffen
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 55/100
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needs-feedback
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100
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vcf
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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CI testing for signed-off-by commitsEvtl. wieder frei @jkbonfield hat das vor 136 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/htslib#2014 · 1 zugewiesene Person ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 3 Tagen
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enhancement
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 45/100
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htslib-dependent P2: Desirable
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100
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needs-feedback requires-test-case
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 65/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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requires-test-case
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100
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requires-test-case
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
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bcf bug vcf
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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bcftools annotate doesn't liftover fields from VCF with symbolic alleles if END in only one file.Offenrequires-test-case
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
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Suggestion: populate INFO name in warning "INFO tag id=146"Evtl. wieder frei @daviesrob hat das vor 157 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/htslib#1996 · 4 Kommentare · 1 zugewiesene Person ·
Maintainer antworten meist innerhalb von 3 Tagen
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cannot specify single read for casava fastq importEvtl. wieder frei @whitwham hat das vor 227 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/samtools#2307 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person ·
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vcf
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100
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vcf
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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samtools markdup memory usage on high-depth regionsEvtl. wieder frei @whitwham hat das vor 255 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
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sam
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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requires-test-case
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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D1: Difficult P2: Desirable
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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sam sam-tags
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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requires-test-case
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 55/100
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Fix explaination of BS data series in CRAMEvtl. wieder frei @jkbonfield hat das vor 346 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offencram
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samtools faidx - extract a slice of records by indexEvtl. wieder frei @whitwham hat das vor 346 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/samtools#2278 · 3 Kommentare · 1 zugewiesene Person ·
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documentation enhancement
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Duplicate tags are incorrectly ignored in SAM v1.6 filesEvtl. wieder frei @jkbonfield hat das vor 353 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
samtools/samtools#2272 · 12 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
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