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Issues em que talvez alguém já esteja trabalhando aparecem no fim. Ordenar tudo por data

• Read FTP and HTTP(S) through NIO FileSystemProviders

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  Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 28/100

  samtools/htsjdk#1897 · Aberta em 5/10/2026

  Mantenedores costumam responder em até 1 dia

• fqzcomp_qual_fuzzrt.c and tokenise_name3_fuzzrt.c write past their buffers

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  Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 88/100

  samtools/htscodecs#155 · Aberta em 2/10/2026

• samtools 1.21 view errors with output cram 3.1 small and 1 bp reads

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  Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 42/100

  samtools/htscodecs#154 · 2 comentários · Aberta em 28/9/2026

• Left-align reporting multiple alleles at the same position in bacterial genome

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  Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

  samtools/bcftools#2597 · 1 comentário · Aberta em 25/9/2026

• SAM Spec Suggestion: VX:i optional tag

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  sam sam-tags

  Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 40/100

  samtools/hts-specs#872 · 4 comentários · Aberta em 23/9/2026

• Systematic crash on single locus with 2k+ variants on same position

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  Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

  samtools/bcftools#2593 · 1 comentário · Aberta em 21/9/2026

• VCFv4.5/4.4 Specification Inaccuracy -- Genotype Fields [§1.6.2]

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  Dificuldade 1/5 Menos de uma hora Facilidade para iniciantes 88/100

  samtools/hts-specs#871 · 1 comentário · Aberta em 11/9/2026

• VCFv4.5 Specification Typo -- Tandem Repeats [§5.7]

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  Dificuldade 1/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 92/100

  samtools/hts-specs#870 · 1 comentário · Aberta em 11/9/2026

• VCFv4.5 Specification Inaccuracy -- Large Insertions (Circular) [§5.4.2]

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  Dificuldade 1/5 Menos de uma hora Facilidade para iniciantes 88/100

  samtools/hts-specs#869 · Aberta em 11/9/2026

• Examples using Number=P and/or PSL/PSO/PSQ fields

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  Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 72/100

  samtools/hts-specs#868 · Aberta em 6/9/2026

• mpileup + Varscan2 issue samtools 1.24

  Talvez livre de novo @daviesrob assumiu há 34 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/samtools#2375 · 1 comentário · 1 responsável · Aberta em 31/8/2026

  Mantenedores costumam responder em até 4 dias

• samtools consensus uses so much memory it is unable to complete

  Talvez livre de novo @daviesrob assumiu há 34 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/samtools#2374 · 15 comentários · 1 responsável · Aberta em 28/8/2026

  Mantenedores costumam responder em até 4 dias

• cram: Clarify whether tag ID lists are separated or terminated

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  Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 70/100

  samtools/hts-specs#867 · Aberta em 25/8/2026

• Allow http QUERY method in htsget

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  Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 72/100

  samtools/hts-specs#866 · Aberta em 25/8/2026

• The meaning of an "optional field" VCF and a clash with ##contig

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  Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 45/100

  samtools/hts-specs#865 · 2 comentários · Aberta em 13/8/2026

• Recommended practice "No alignments should be assigned mapping quality 255" is ambiguous

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  Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 55/100

  samtools/hts-specs#864 · 2 comentários · Aberta em 11/8/2026

• EVENTTYPE can be different for records with the same EVENT

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  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

  samtools/hts-specs#863 · Aberta em 10/8/2026

• [merge] fix primary alignment flag

  Talvez livre de novo @jkbonfield assumiu há 62 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/samtools#2359 · 9 comentários · 1 responsável · Aberta em 5/8/2026

  Mantenedores costumam responder em até 4 dias

• SamPairUtil.setMateInformationOnSupplementalAlignment copies TLEN from the mate primary instead of computing it

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  Dificuldade 2/5 Meio dia Facilidade para iniciantes 82/100

  samtools/htsjdk#1795 · Aberta em 31/7/2026

  Mantenedores costumam responder em até 1 dia

• Issue in gff2gff.py script - does not generate the output file

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  needs-feedback

  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

  samtools/bcftools#2572 · 1 comentário · Aberta em 25/6/2026

• rlen calculation in bcf/vcf

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  vcf

  Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

  samtools/hts-specs#857 · Aberta em 29/5/2026

• CI testing for signed-off-by commits

  Talvez livre de novo @jkbonfield assumiu há 139 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/htslib#2014 · 1 responsável · Aberta em 20/5/2026

  Mantenedores costumam responder em até 3 dias

• Add optional progress output for long-running subcommands (mpileup, view, norm, index)

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  enhancement

  Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 45/100

  samtools/bcftools#2559 · 3 comentários · Aberta em 16/5/2026

• Feature request : bcftools annotate and discordant chromosome notation

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  htslib-dependent P2: Desirable

  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

  samtools/bcftools#2549 · 1 comentário · Aberta em 7/5/2026

• Feature request: use pedigree information for SNP calling

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  Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

  samtools/bcftools#2546 · 2 comentários · Aberta em 28/4/2026

• bcftools merge fills missing fields with "^@" instead of "."

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  needs-feedback requires-test-case

  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

  samtools/bcftools#2539 · 2 comentários · 1 reação · Aberta em 2/4/2026

• Diff / patch like program for efficient storage of raw + processed data

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  Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

  samtools/samtools#2318 · 2 reações · Aberta em 26/3/2026

  Mantenedores costumam responder em até 4 dias

• split-vep only prints first numerical value

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  requires-test-case

  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 52/100

  samtools/bcftools#2516 · 5 comentários · Aberta em 23/3/2026

• MIN_DP should be updated from DP not just other MIN_DP records. Production of a MIN_DP record when none are input.

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  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

  samtools/bcftools#2515 · 2 comentários · Aberta em 22/3/2026

• HTSJDK QUAL floating-point precision error from log10PError round-trip

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  bcf bug vcf

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  samtools/htsjdk#1757 · Aberta em 20/3/2026

  Mantenedores costumam responder em até 1 dia

• bcftools mpileup for a set of Illumina+HiFi reads

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  samtools/bcftools#2511 · 4 comentários · Aberta em 12/3/2026

• feature request: polyploid variant calling

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  samtools/bcftools#2508 · 11 reações · Aberta em 2/3/2026

• bcftools annotate doesn't liftover fields from VCF with symbolic alleles if END in only one file.

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  samtools/bcftools#2507 · 1 comentário · Aberta em 2/3/2026

• Suggestion: populate INFO name in warning "INFO tag id=146"

  Talvez livre de novo @daviesrob assumiu há 160 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/htslib#1996 · 4 comentários · 1 responsável · Aberta em 20/2/2026

  Mantenedores costumam responder em até 3 dias

• Missing value for SVCLAIM in DEL/DUP in VCFv4.4: clarification and addition

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  samtools/hts-specs#849 · 1 comentário · Aberta em 19/1/2026

• Is the set of `##ALT` top-level types in IDs *really* restricted to the 5 provided?

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  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

  samtools/hts-specs#848 · Aberta em 15/1/2026

• samtools markdup memory usage on high-depth regions

  Talvez livre de novo @whitwham assumiu há 258 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/samtools#2296 · 1 responsável · Aberta em 15/1/2026

  Mantenedores costumam responder em até 4 dias

• how to index a read in a circular sequence?

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  sam

  Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

  samtools/hts-specs#847 · 1 comentário · Aberta em 18/12/2025

• Incorrect allele ("2") in... when trying to merge, merged files

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  samtools/bcftools#2488 · 1 comentário · Aberta em 12/12/2025

• norm -m + --atomize inconsistent representation of complex variants

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  D1: Difficult P2: Desirable

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  samtools/bcftools#2482 · 1 comentário · Aberta em 24/11/2025

• bcftools csq throw sanity_check_ref error and could not pass by --force

  Talvez livre de novo Um pull request para esta issue foi fechado sem ser mesclado. Aberta

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  Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

  samtools/bcftools#2478 · 3 comentários · Aberta em 14/11/2025

• documentation for `--pair-logic` is missing

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  samtools/bcftools#2472 · 1 comentário · Aberta em 28/10/2025

• Fix explaination of BS data series in CRAM

  Talvez livre de novo @jkbonfield assumiu há 349 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  cram

  samtools/hts-specs#845 · 1 responsável · Aberta em 23/10/2025

• samtools faidx - extract a slice of records by index

  Talvez livre de novo @whitwham assumiu há 349 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/samtools#2278 · 3 comentários · 1 responsável · Aberta em 17/10/2025

  Mantenedores costumam responder em até 4 dias

• Feature Request: +setGT plugin ability to set GT in a subset of samples in the VCF file

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  documentation enhancement

  Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

  samtools/bcftools#2467 · 5 comentários · Aberta em 13/10/2025

• Duplicate tags are incorrectly ignored in SAM v1.6 files

  Talvez livre de novo @jkbonfield assumiu há 356 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/samtools#2272 · 12 comentários · 1 reação · 1 responsável · Aberta em 10/10/2025

  Mantenedores costumam responder em até 4 dias

• [FEATURE REQUEST] Window limits for removing duplicates/normalizing

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  samtools/bcftools#2461 · 1 comentário · Aberta em 30/9/2025

• bcftools norm -m+snps not merging adjacents snps

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  D1: Difficult enhancement

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  samtools/bcftools#2460 · 3 comentários · Aberta em 30/9/2025

• --include "FIELD=@file" fails silently even when single-value filter works

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  enhancement

  Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

  samtools/bcftools#2459 · 1 comentário · Aberta em 25/9/2025

• samtools.org security issue?

  Talvez livre de novo @daviesrob assumiu há 384 dias e não há nenhum pull request aberto. Aberta

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  samtools/samtools#2260 · 5 comentários · 1 responsável · Aberta em 14/9/2025

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