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[consult] How to build ontology in case of postgresql where table inherit exist

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Bewertung

Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit
15/100
Issue-Typ
Dokumentation
Klarheit
Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
postgresql, python, sqlalchemy
Bereich
databases

Rechercherichtung

Es ist keine Repository-Datei, kein Test und kein Einstiegspunkt angegeben; beginne damit zu klären, ob es sich um eine Anfrage nach SDK-Dokumentation oder um eine Anleitung zur Modellierung von PostgreSQL-Vererbung in Foundry handelt. Definiere das erwartete Ontologieverhalten für Sample, DrySample, AntiSample und ProteinSample, bevor der Umfang eines Beitrags festgelegt werden kann.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Here in our case, we need to build ontology based on tables in postgresql databse.

  • There are multi table in database, and they have inherit relation(as postgresql support this), i use sqlalchemy to describe these part of table as follows, here include base table like Sample, and inherited table like DrySample; and there are futher inherited table like AntiSample and ProteinSample which inherited from DrySample.

  • In these case, how should i build ontology in palantir? I thought palantir not support object type inherit, am i right ? hoping for your kindly help and reply @jsmith @jameszhang244 @afloren-palantir @invliD @ericanderson @jmcampanini @akerl @tdeitch

class Sample(Base):

    __tablename__ ='samples'

    id: Mapped[int] = mapped_column(primary_key=True)
    source: Mapped[int] = mapped_column(ForeignKey('experiments.id'))
    type: Mapped[str] = mapped_column(String(255))


class DrySample(Sample):
    __tablename__ = 'dry_samples'
     id: Mapped[int] =  mapped_column(ForeignKey('samples.id'), primary_key=True)
     sample_id: Mapped[str] = mapped_column(String(255))
      freeze_count: Mapped[int] = mapped_column(Integer， default=0)

class AntiSample(DrySample):
     __tablename__ = 'anti_samples'
     id: Mapped[int] =  mapped_column(ForeignKey('dry_sample.id'), primary_key=True)
     volume: Mapped[str] = mapped_column(Float)

class ProteinSample(DrySample):
     __tablename__ = 'anti_samples'
     id: Mapped[int] =  mapped_column(ForeignKey('dry_sample.id'), primary_key=True)
     protein_id: Mapped[int] = mapped_column(ForeignKey('proteins.id'))
     description: Mapped[str] = mapped_column(Text)
Vorherrschende Sprache
Python
Sterne
208
Forks
49
Ø Merge
15 Std. 8 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
2

Entwicklungsumgebung

  • Kein Dockerfile und keine Docker-Compose-Datei
  • Hat eine Pull-Request-Vorlage
  • Kein Beitragsleitfaden

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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