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[consult] How to build ontology in case of postgresql where table inherit exist

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
15/100
Tipo de issue
Documentación
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
postgresql, python, sqlalchemy
Área
databases

Línea de trabajo

No se identifica ningún archivo del repositorio, prueba ni punto de entrada; comienza aclarando si se trata de una solicitud de documentación del SDK o de orientación sobre el modelado de herencia de PostgreSQL en Foundry. Define el comportamiento esperado de la ontología para Sample, DrySample, AntiSample y ProteinSample antes de poder delimitar el alcance de una contribución.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Here in our case, we need to build ontology based on tables in postgresql databse.

  • There are multi table in database, and they have inherit relation(as postgresql support this), i use sqlalchemy to describe these part of table as follows, here include base table like Sample, and inherited table like DrySample; and there are futher inherited table like AntiSample and ProteinSample which inherited from DrySample.

  • In these case, how should i build ontology in palantir? I thought palantir not support object type inherit, am i right ? hoping for your kindly help and reply @jsmith @jameszhang244 @afloren-palantir @invliD @ericanderson @jmcampanini @akerl @tdeitch

class Sample(Base):

    __tablename__ ='samples'

    id: Mapped[int] = mapped_column(primary_key=True)
    source: Mapped[int] = mapped_column(ForeignKey('experiments.id'))
    type: Mapped[str] = mapped_column(String(255))


class DrySample(Sample):
    __tablename__ = 'dry_samples'
     id: Mapped[int] =  mapped_column(ForeignKey('samples.id'), primary_key=True)
     sample_id: Mapped[str] = mapped_column(String(255))
      freeze_count: Mapped[int] = mapped_column(Integer， default=0)

class AntiSample(DrySample):
     __tablename__ = 'anti_samples'
     id: Mapped[int] =  mapped_column(ForeignKey('dry_sample.id'), primary_key=True)
     volume: Mapped[str] = mapped_column(Float)

class ProteinSample(DrySample):
     __tablename__ = 'anti_samples'
     id: Mapped[int] =  mapped_column(ForeignKey('dry_sample.id'), primary_key=True)
     protein_id: Mapped[int] = mapped_column(ForeignKey('proteins.id'))
     description: Mapped[str] = mapped_column(Text)
Lenguaje dominante
Python
Estrellas
208
Forks
49
Merge medio
15 h 8 min
PR fusionados (30 d)
2

Preparar el entorno

  • Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
  • Tiene una plantilla de pull request
  • Sin guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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