Hacktoberfest 2026: die Issues, die Maintainer für den Oktober markiert haben – offen und einsteigerfreundlich. Hacktoberfest-Issues durchsuchen

TKY2 Result failure with gather

Offen
  • Stimmt etwas nicht?
#141 0 Kommentare 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

Dieses Issue hat noch niemand übernommen.

Bewertung

Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit
25/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
python
Bereich
backend, cli

Rechercherichtung

Reproduziere den Fehler mit dem verlinkten Ergebnisarchiv und beginne dann bei openfecli/commands/gather.py in _write_dg_mle; verfolge den Aufruf bis zu cinnabar/stats.py:mle. Untersuche die Warnungen wegen Division durch null und den SVD-Fehler; als erledigt gilt die Aufgabe, wenn der gather-Pfad diese Eingabe verarbeitet oder eindeutig meldet, ohne die aktuelle unbehandelte Ausnahme.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

/usr/local/lib/python3.10/site-packages/cinnabar/stats.py:207: RuntimeWarning: divide by zero encountered in scalar power
  F_matrix[i, j] = -df_ij[i, j] ** (-2)
/usr/local/lib/python3.10/site-packages/cinnabar/stats.py:208: RuntimeWarning: divide by zero encountered in scalar power
  F_matrix[j, i] = -df_ij[i, j] ** (-2)
/usr/local/lib/python3.10/site-packages/cinnabar/stats.py:228: RuntimeWarning: divide by zero encountered in scalar power
  z[i] += f_ij[i, j] * df_ij[i, j] ** (-2)
/usr/local/lib/python3.10/site-packages/cinnabar/stats.py:229: RuntimeWarning: divide by zero encountered in scalar power
  z[j] += f_ij[j, i] * df_ij[j, i] ** (-2)
/usr/local/lib/python3.10/site-packages/cinnabar/stats.py:228: RuntimeWarning: invalid value encountered in scalar add
  z[i] += f_ij[i, j] * df_ij[i, j] ** (-2)
/usr/local/lib/python3.10/site-packages/cinnabar/stats.py:229: RuntimeWarning: invalid value encountered in scalar add
  z[j] += f_ij[j, i] * df_ij[j, i] ** (-2)
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/openfe", line 10, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1157, in __call__
    return self.main(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1078, in main
    rv = self.invoke(ctx)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1688, in invoke
    return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 1434, in invoke
    return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/click/core.py", line 783, in invoke
    return __callback(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/openfecli/commands/gather.py", line 376, in gather
    writing_func(legs, writer, allow_partial)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/openfecli/commands/gather.py", line 259, in _write_dg_mle
    f_i, df_i = mle(g, factor='calc_DDG')
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/cinnabar/stats.py", line 232, in mle
    Finv = np.linalg.pinv(F_matrix)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 2022, in pinv
    u, s, vt = svd(a, full_matrices=False, hermitian=hermitian)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 1681, in svd
    u, s, vh = gufunc(a, signature=signature, extobj=extobj)
  File "/usr/local/lib/python3.10/site-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 121, in _raise_linalgerror_svd_nonconvergence
    raise LinAlgError("SVD did not converge")
numpy.linalg.LinAlgError: SVD did not converge

This is with https://github.com/OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks/releases/download/april-2024/results_tyk2_transformations_openfe_1.0.0rc0_uc_2.tar.gz

Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
70
Forks
15
Ø Merge
4 T. 2 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
6

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Mehr aus OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks

Alle Issues in OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks

Ähnliche Issues

Weitere Issues zu Backend & API Design

Neue Issues direkt in Ihr Postfach

Eine kurze Übersicht über anfängerfreundliche GitHub-Issues.