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Partial charges: read every scheme ORCA, Gaussian and NWChem provide, and show them like Mulliken

Offen
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Bewertung

Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit
30/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Aktiv
Tech-Stack
c
Bereich
data

Rechercherichtung

Start by tracing how Mulliken and ESP charges are parsed into the per-atom tables and displayed through data/client/config/PropertyPanelDescriptor.xml. Then add support in the listed order, checking each parser against real ORCA, Gaussian, and NWChem outputs and verifying that the atomic charges sum to the total charge. The issue also proposes a unified scheme selector, comparison table, and comparable colour scales.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Requested for research use (partial charges). Today ECCE reads Mulliken (NWChem, ORCA, Gaussian, MOPAC, ECCE-QM), ESP fits (NWChem esp, Gaussian MK/CHELPG) and ORCA CHELPG when requested. Everything else the codes provide is ignored.

Not read yet

Scheme ORCA Gaussian 16 NWChem
Löwdin printed by default — printed on request
Mayer (atomic charge, bond orders) printed by default "Do Mayer BO" offered, output not read —
Hirshfeld ! Hirshfeld Pop=Hirshfeld —
CM5 — with Pop=Hirshfeld —
MBIS ! MBIS (ORCA 5+) — —
NPA (NBO) with NBO Pop=NBO6 already offered, NPA not read via NBO's file
APT — printed with Freq —

Order (cheapest first):

  1. Read what is printed already: ORCA Löwdin and Mayer, Gaussian NPA (already requestable) and APT.
  2. Offer and read Hirshfeld (ORCA, Gaussian), CM5 (Gaussian), MBIS (ORCA) in the Calculation Editor.
  3. NWChem Löwdin; NBO for ORCA and NWChem if the NBO program is available.

Display: the general PartialCharges panel (table, colour scale, atoms coloured by charge; used for ESPCHARGE) can show each new property by declaring it in data/client/config/PropertyPanelDescriptor.xml (group Charges, class PartialCharges), as long as the parse scripts store the same per-atom table. On top of that:

  • one "Atomic charges" entry with a scheme choice, instead of one menu entry per scheme;
  • a comparison table (atoms × schemes), optionally a plot of charge per atom for each scheme;
  • the same, optionally fixed, colour scale across schemes so colours are comparable.

Verification: each scheme checked against a real output of that code (water, a small ion pair, a transition-metal complex), with sums matching the total charge, as in the teaching set.

Vorherrschende Sprache
C
Sterne
10
Forks
8
Ø Merge
21 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
1

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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