nanobind: Atom.GetNeighbors()[i] and Atom.GetBonds()[i] index the whole molecule
维护者通常 2 天内回复
还没有人认领这个 Issue。
评估
调研方向
Start by running the provided nanobind reproduction for Atom.GetNeighbors() and Atom.GetBonds(), then trace the bindings for these two Atom methods and compare their indexed behavior with iteration and the boost output. Done means indexed access returns the same neighbor and bond sequence as iteration under nanobind, with regression coverage if the relevant binding tests are found.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Describe the bug
With nanobind, indexing Atom.GetNeighbors() or Atom.GetBonds() returns the wrong atoms/bonds: seq[i] gives the molecule's atom/bond i instead of the i-th neighbour/bond.
To Reproduce
from rdkit import Chem, rdBase
print(rdBase.rdkitVersion, rdBase._wrapperType)
mol = Chem.MolFromSmiles("CCNO")
atom = mol.GetAtomWithIdx(2)
nbrs = atom.GetNeighbors()
print("neighbours iterated:", [n.GetIdx() for n in nbrs])
print("neighbours indexed: ", [nbrs[i].GetIdx() for i in range(len(nbrs))])
bonds = atom.GetBonds()
print("bonds iterated:", [b.GetIdx() for b in bonds])
print("bonds indexed: ", [bonds[i].GetIdx() for i in range(len(bonds))])
nanobind:
2026.09.1b1 nanobind
neighbours iterated: [1, 3]
neighbours indexed: [0, 1]
bonds iterated: [1, 2]
bonds indexed: [0, 1]
boost:
2026.03.6
neighbours iterated: [1, 3]
neighbours indexed: [1, 3]
bonds iterated: [1, 2]
bonds indexed: [1, 2]
- 主要语言
- HTML
- 星标
- 3.6k
- 派生
- 1.1k
- 平均合并
- 3 天 9 小时
- 30 天内合并 PR
- 41
环境准备
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
rdkit/rdkit 的其他 Issue
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 90/100
维护者通常 2 天内回复
-
enhancement
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 86/100
维护者通常 2 天内回复
-
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
维护者通常 2 天内回复
-
bug
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 68/100
维护者通常 2 天内回复
-
bug
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 45/100
维护者通常 2 天内回复
相似的 Issue
-
bug severity:medium
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
维护者通常 2 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 68/100
维护者通常 1 天内回复
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 90/100
semantic-release/gitlab#1032 ·
-
(config)未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 62/100
suitenumerique/conversations#757 ·
维护者通常 1 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
维护者通常 1 天内回复