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Error with customized dataset

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评估

难度
3/5
预计耗时
1-2 天
新手友好度
35/100
Issue 类型
缺陷
描述清晰度
基本清楚
活跃度
停滞
技术栈
python
领域
machine-learning

调研方向

从 graphormer/tasks/graph_prediction.py 开始，重点查看 __import_user_defined_datasets，并将其与所提供 shell 命令中的 --user-data-dir 值进行比较。检查 customized_dataset 模块应如何被发现，然后重新运行命令；当训练在没有报告的 ModuleNotFoundError 的情况下继续进行时，即表示完成。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

Hallo everone,
I wanted to train a customized dataset. Following the instructions in https://graphormer.readthedocs.io/en/latest/Datasets.html#id5
I added my code before the create_customized_dataset function to build a dgl dataset class. Then I wrote a shell file to run the training process. But I got ModuleNotFoundError error when I started the training.
Here was the error information

Traceback (most recent call last):
  File "/root/anaconda3/envs/graphormer/bin/fairseq-train", line 8, in <module>
    sys.exit(cli_main())
  File "/root/anaconda3/envs/graphormer/lib/python3.9/site-packages/fairseq_cli/train.py", line 528, in cli_main
    distributed_utils.call_main(cfg, main)
  File "/root/anaconda3/envs/graphormer/lib/python3.9/site-packages/fairseq/distributed/utils.py", line 369, in call_main
    main(cfg, **kwargs)
  File "/root/anaconda3/envs/graphormer/lib/python3.9/site-packages/fairseq_cli/train.py", line 85, in main
    task = tasks.setup_task(cfg.task)
  File "/root/anaconda3/envs/graphormer/lib/python3.9/site-packages/fairseq/tasks/__init__.py", line 46, in setup_task
    return task.setup_task(cfg, **kwargs)
  File "/workspace/Graphormer/graphormer/tasks/graph_prediction.py", line 179, in setup_task
    return cls(cfg)
  File "/workspace/Graphormer/graphormer/tasks/graph_prediction.py", line 142, in __init__
    self.__import_user_defined_datasets(cfg.user_data_dir)
  File "/workspace/Graphormer/graphormer/tasks/graph_prediction.py", line 165, in __import_user_defined_datasets
    importlib.import_module(module_name)
  File "/root/anaconda3/envs/graphormer/lib/python3.9/importlib/__init__.py", line 127, in import_module
    return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1030, in _gcd_import
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1007, in _find_and_load
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 984, in _find_and_load_unlocked
ModuleNotFoundError: No module named 'customized_dataset'

Here was the shell file

#!/usr/bin/env bash

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 fairseq-train \
--user-dir ../../graphormer \
--user-data-dir /workspace/Graphormer/examples/customized_dataset \
--num-workers 16 \
--ddp-backend=legacy_ddp \
--dataset-name MonomerTg_dataset \
--task graph_prediction \
--criterion l1_loss \
--arch graphormer_slim \
--num-classes 1 \
--attention-dropout 0.1 --act-dropout 0.1 --dropout 0.0 \
--optimizer adam --adam-betas '(0.9, 0.999)' --adam-eps 1e-8 --clip-norm 5.0 --weight-decay 0.01 \
--lr-scheduler polynomial_decay --power 1 --warmup-updates 60000 --total-num-update 400000 \
--lr 2e-4 --end-learning-rate 1e-9 \
--batch-size 64 \
--fp16 \
--data-buffer-size 20 \
--encoder-layers 12 \
--encoder-embed-dim 80 \
--encoder-ffn-embed-dim 80 \
--encoder-attention-heads 8 \
--max-epoch 10000 \
--save-dir ./ckpts

Anyone knows why it happens and maybe a solution for it?
Thank you very much!

主要语言
Python
星标
2.5k
派生
374
平均合并
14 小时 51 分钟
30 天内合并 PR
3

环境准备

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  1. 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
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