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catalystneuro
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neuroconv
Create NWB files by converting and combining neural data in proprietary formats and adding essential metadata.
Python · 81 个 star
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roiextractors
Python-based module for extracting from, converting between, and handling optical imaging data from several file formats. Inspired by Spi...
Python · 18 个 star
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ndx-fiber-photometry
This is an NWB extension for storing fiber photometry recordings and associated metadata.
Python · 5 个 star
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zarr-matlab
Read and write Zarr v3 natively in MATLAB — full codec support (zstd, blosc, gzip, crc32c), sharding, and byte-level interop with zarr-py...
MATLAB · 4 个 star
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claude-skills
Public repository of skills for neurophysiology research
Python · 3 个 star
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nwb-video-widgets
Interactive Jupyter widgets for playing synchronized videos and visualizing pose estimation data from NWB files (local and DANDI)
Python · 2 个 star
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Python · 2 个 star
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Python · 1 个 star
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ndx-ophys-devices
This is an NWB extension for storing metadata of devices used in optical experimental setup (microscopy, fiber photometry, optogenetic st...
Jupyter Notebook · 1 个 star
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ndx-sound
NWB extension of sounds
Python · 1 个 star
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mcnaughton2000-to-nwb
Convert McNaughton Neurolab (STS-90) hippocampal place cell data to NWB
Python · 0 个 star
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hdmf-zarr-matlab
hdmf-zarr storage conventions (links, references) for MATLAB — NWB-Zarr support on zarr-matlab
MATLAB · 0 个 star
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hanks-lab-to-nwb
Conversion of fiber photometry and behavioral data from the Hanks lab (UC Davis) to NWB. Part of the SFARI Autism Rat Models Consortium ...
Jupyter Notebook · 0 个 star
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ndx-microscopy
An enhancement to core NWB schema types related to microscopy data.
Python · 0 个 star
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Python · 0 个 star
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Jupyter Notebook · 0 个 star
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.github
Company-wide documentation of practices, protocols, policies, and processes.
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ndx-spikesorting
NWB extension to store spike sorting outputs and extensions
Python · 0 个 star
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hnasko-lab-to-nwb
NWB Conversion project for the Hnasko Lab
Jupyter Notebook · 0 个 star
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IBL-mesoscope-to-nwb
NWB Conversion project for IBL mesoscope dataset
Jupyter Notebook · 0 个 star
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 12/100
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 18/100
catalystneuro/find_reuse#71 ·
维护者通常 3 天内回复
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 70/100
catalystneuro/neuroconv#2078 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 52/100
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bug
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 69/100
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enhancement
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 85/100
catalystneuro/zarr-matlab#29 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 74/100
catalystneuro/zarr-matlab#28 ·
维护者通常 1 天内回复
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bug
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 38/100
catalystneuro/zarr-matlab#27 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 68/100
catalystneuro/zarr-matlab#26 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 52/100
catalystneuro/zarr-matlab#25 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 86/100
catalystneuro/zarr-matlab#23 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 74/100
catalystneuro/zarr-matlab#21 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 76/100
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enhancement
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
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bug
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
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难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 58/100
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 38/100
catalystneuro/find_reuse#55 · 2 条评论 ·
维护者通常 3 天内回复
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
catalystneuro/find_reuse#52 ·
维护者通常 3 天内回复
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 52/100
catalystneuro/neuroconv#2060 ·
维护者通常 1 天内回复
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Fable 5.1 suggestions
难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
catalystneuro/neuroconv#2034 · 3 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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bug fiber photometry time_alignment
难度 3/5 1-2 天 新手友好度 74/100
catalystneuro/neuroconv#1994 · 1 条评论 · 2 个 reaction ·
维护者通常 1 天内回复
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 48/100
catalystneuro/find_reuse#21 ·
维护者通常 3 天内回复
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100
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metadata
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
catalystneuro/neuroconv#1802 · 7 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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`DoricFiberPhotometryInterface`: warn on gaps and add optional NaN-padding for uniform-rate output未关闭
难度 4/5 3-5 天 新手友好度 55/100
catalystneuro/neuroconv#1791 · 4 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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[Feature]: HERD integration可能重新可做 @alessandratrapani 于 68 天前认领,目前没有进行中的 PR。 未关闭enhancement ontology annotations
catalystneuro/neuroconv#1771 · 7 条评论 · 已指派 1 人 ·
维护者通常 1 天内回复
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Kilosort templates not added to NWB可能重新可做 @h-mayorquin 于 115 天前认领,目前没有进行中的 PR。 未关闭ecephys enhancement
catalystneuro/neuroconv#1762 · 4 条评论 · 已指派 1 人 ·
维护者通常 1 天内回复
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
catalystneuro/ndx-fiber-photometry#54 · 5 条评论 ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 30/100
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 38/100
catalystneuro/roiextractors#582 ·
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Provide a unified metadata API on imaging extractors可能重新可做 @h-mayorquin 于 165 天前认领,目前没有进行中的 PR。 未关闭
catalystneuro/roiextractors#578 · 6 条评论 · 已指派 1 人 ·
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[Improvements] nwb-convert skill improvements after hands-on use across multiple conversion projects可能重新可做 @alessandratrapani 于 174 天前认领,目前没有进行中的 PR。 未关闭
catalystneuro/claude-skills#14 · 2 条评论 · 已指派 1 人 ·
维护者通常 1 天内回复
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 42/100
catalystneuro/neuroconv#1715 ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
catalystneuro/nwb-video-widgets#34 · 3 条评论 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 48/100
catalystneuro/nwb-video-widgets#30 · 2 条评论 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 25/100
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
catalystneuro/ndx-spikesorting#4 · 1 个 reaction ·
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100
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难度 5/5 一周以上 新手友好度 15/100
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难度 3/5 1-2 天 新手友好度 35/100
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IBL fiber photometry Conversion Project Progress可能重新可做 @alessandratrapani 于 266 天前认领,目前没有进行中的 PR。 未关闭
catalystneuro/IBL-fiberphotometry-to-nwb#3 · 已指派 1 人 ·
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难度 4/5 3-5 天 新手友好度 32/100
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data interfaces enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 30/100
catalystneuro/neuroconv#1623 · 1 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 35/100
catalystneuro/neuroconv#1618 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement
难度 5/5 一周以上 新手友好度 30/100
catalystneuro/neuroconv#1586 · 2 条评论 ·
维护者通常 1 天内回复
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enhancement ophys
难度 5/5 一周以上 新手友好度 20/100
catalystneuro/neuroconv#1536 · 1 条评论 · 3 个 reaction ·
维护者通常 1 天内回复
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IBL widefield Conversion Project Progress可能重新可做 @alessandratrapani 于 385 天前认领,目前没有进行中的 PR。 未关闭
catalystneuro/IBL-widefield-to-nwb#2 · 1 条评论 · 已指派 1 人 ·
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