Test pipeline NetPyNE-> NeuroML-> other simulators...
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评估
调研方向
从 NeuroML2 下现有的、文件名以 jnmleden.omt 结尾的 OMV 测试文件、生成的 LEMS_HybridSmall.xml 以及 regenerateAndTest.sh 开始。运行文档中记录的 jnml 或 pynml EDEN 命令,并检查链接的 workflow 结果;该 issue 未将完成条件定义为超出在 EDEN 中验证生成的 NeuroML 模型。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
@salvadord was asking about options for examples of models built in NetPyNE, converted to NeuroML and then run successfully in another simulator. For various reasons EDEN is currently the best option for trying this.
I've added various OMV tests for running the generated NeuroML equivalents of NetPyNE models in EDEN, and the results are good so far. See test files ending jnmleden.omt here, the results of these are at https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/runs/6374237602?check_suite_focus=true.
As an example this: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/HybridSmall/HybridSmall.py builds a small net with HH & Izhikevich cells, it gets generated to NML here: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/HybridSmall.net.nml (see here for generating script).
The LEMS simulation file generated also (https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/LEMS_HybridSmall.xml) can be used to generate a Python script which loads the NML using the latest jnml or pynml:
jnml LEMS_HybridSmall.xml -eden
# or ...
pynml LEMS_HybridSmall.xml -eden
# then ...
python LEMS_HybridSmall_eden.py
This is what gets tested in OMV files like: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/.test.hyizh.jnmleden.omt
cc @spanag
- 主要语言
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