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cellpose
a generalist algorithm for cellular segmentation with human-in-the-loop capabilities

Python · 2400 个 star
Kilosort
Fast spike sorting with drift correction

Python · 631 个 star
suite2p
cell detection in calcium imaging recordings

Python · 475 个 star
stringer-pachitariu-et-al-2018b
Responses of 10,000 neurons to 2,800 natural images

MATLAB · 74 个 star
stringer-pachitariu-et-al-2018a
Recordings of 10k neurons during spontaneous behaviors

MATLAB · 55 个 star

适合新手全部

未关闭全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

BUG: uint16 halving and int16 truncation erase the signal in low-photon-count recordings
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 85/100

MouseLand/suite2p#1275 · 1 条评论 · 2026年10月6日创建
Unable to open RunSuite2p GUI
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

MouseLand/suite2p#1273 · 2026年9月17日创建
[BUG] make_train.py - Tiff label support and mask saving bug
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

MouseLand/cellpose#1495 · 2026年9月14日创建
`test_loss` scale/behavior changed between v4.0.8 and latest (v4.2.1.1) when fine-tuning cpsam
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

MouseLand/cellpose#1493 · 2026年9月11日创建
[FEATURE] Region Specific Segmentation GUI
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 38/100

MouseLand/cellpose#1492 · 2026年9月10日创建
LLSM generated 3D images: Compatibility with cpsam_v2 training data requirement
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

MouseLand/cellpose#1491 · 2026年9月9日创建
anatomical.select_rois applies the spatial high-pass twice (duplicated line since v1.0.0.1)
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

MouseLand/suite2p#1270 · 2026年9月2日创建
baseline='constant' subtracts the minimum over all neurons rather than a per-trace constant
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

MouseLand/suite2p#1269 · 2026年9月2日创建
DOC: Kilosort 2.5/3 rezToPhy writes a scaled identity as whitening_mat.npy (KS2.0 wrote the real Wrot)
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

MouseLand/Kilosort#1047 · 2026年9月1日创建
BUG (KS2/2.5/3): get_whitening_matrix normalizes covariance by ceil((Nbatch-1)/nSkipCov) but accumulates floor(..)+1 batches
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 78/100

MouseLand/Kilosort#1046 · 2026年9月1日创建
[BUG] Distributed_eval segmentation issue
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

MouseLand/cellpose#1489 · 2026年8月20日创建
BUG: flipping ROIs removes lam weighting
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

MouseLand/suite2p#1263 · 2026年8月5日创建
BUG: Left settings panel gets clipped and controls become inaccessible unless window is fullscreen
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

MouseLand/Kilosort#1041 · 2026年7月31日创建
Feature request: Controls and Help buttons open external docs instead of showing help in the GUI
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

MouseLand/Kilosort#1040 · 1 条评论 · 2026年7月31日创建
BUG: make_pc_features can associate PC features with the wrong channel IDs when multiple final clusters share a detection template
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

MouseLand/Kilosort#1039 · 1 条评论 · 2026年7月26日创建
[BUG] cellpose 3.1.1.1 declares numpy<2.1 but runs on numpy 2.3.5 under Python 3.13 — please relax the pin
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 62/100

MouseLand/cellpose#1484 · 2026年7月23日创建
[BUG] Stiching fails silently when running distributed cellpose on 2D images
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

MouseLand/cellpose#1482 · 2026年6月27日创建
BUG: Array must not contain infs or NaNs
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

MouseLand/suite2p#1252 · 2026年6月20日创建
[BUG]New models `cpdino` and `cpdino-vitb` don't work with 4.2.1.1
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

MouseLand/cellpose#1476 · 3 条评论 · 1 个 reaction · 2026年6月17日创建
[BUG] cpdino models do not run
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

MouseLand/cellpose#1474 · 1 条评论 · 2026年6月16日创建
Unknown " input and output size" error with suite2p v0.99rc0
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

MouseLand/suite2p#1251 · 2026年6月13日创建
Problem with GPU (MPS)
未关闭
- 哪里不对？
install

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

MouseLand/cellpose#1468 · 3 条评论 · 2026年6月10日创建
Registration in version 1.0 seems to perform worse
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

MouseLand/suite2p#1246 · 2026年6月5日创建
[BUG] Occasional glitchy mask during dynamics
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

MouseLand/cellpose#1459 · 3 条评论 · 2026年5月22日创建
BUG: Crash during registration if Bidiphase = -1
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

MouseLand/suite2p#1239 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2026年5月18日创建
[BUG] Filter button not correctly filtering image
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

MouseLand/cellpose#1452 · 2026年5月13日创建
BUG: Input buffer size wasn't large enough.
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

MouseLand/suite2p#1237 · 2 条评论 · 2026年4月28日创建
DOC: Request for additional, explicit information about tau parameter in the documentation
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

MouseLand/suite2p#1236 · 2026年4月27日创建
[FEATURE] Remote server support for Cellpose GUI inference, training, and annotation
未关闭
- 哪里不对？
enhancement low priority

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

MouseLand/cellpose#1424 · 2 条评论 · 2026年3月31日创建
[FEATURE] Speed-up for multiple ROI deletion
可能重新可做 @mrariden 于 132 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

MouseLand/cellpose#1419 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年3月24日创建
Dendrites detection
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

MouseLand/suite2p#1215 · 2026年2月24日创建
Code design: function arguments like db=default_db() are only evaluated at function definition time, not each time the function is called
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

MouseLand/suite2p#1212 · 2026年2月20日创建
Suite2p with Qaudro M2000 on Windows
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

MouseLand/suite2p#1207 · 2026年2月18日创建
[FEATURE] Add CLAHE as an Optional Preprocessing Step
可能重新可做 @carsen-stringer 于 132 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

MouseLand/cellpose#1376 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年11月27日创建
[INSTALL] issues with numpy > 2.0
未关闭
- 哪里不对？
install

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

MouseLand/cellpose#1350 · 5 条评论 · 2025年10月19日创建
[FEATURE] Does distributed_segmentation supports 2D-multi channel image?
未关闭
- 哪里不对？
distributed enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

MouseLand/cellpose#1348 · 2 条评论 · 2025年10月16日创建
Mask outlines appear fragmented on XZ and YZ projections
未关闭
- 哪里不对？
enhancement GUI

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

MouseLand/cellpose#1333 · 1 条评论 · 2025年9月29日创建
Suite2p GUI shows images “blown out” (too bright) for Thorlabs Bergamo TIFFs, even at minimum slider setting
可能重新可做 @chriski777 于 251 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
GUI

MouseLand/suite2p#1192 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年8月22日创建
FEATURE: Implementation of KS2.5 Prediction and Residual plots
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

MouseLand/Kilosort#971 · 1 条评论 · 2025年8月8日创建
[BUG] Gaps in interphase and mitotic 3D nuclei when gradXY flows and cell probability look fine
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

MouseLand/cellpose#1296 · 4 条评论 · 2025年8月5日创建
process_block, mismatched shape in zarr
未关闭
- 哪里不对？
bug distributed enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

MouseLand/cellpose#1292 · 2025年8月4日创建
FEATURE: Saving variables to disk between major steps
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

MouseLand/Kilosort#960 · 1 条评论 · 2025年7月9日创建
[BUG] cellpose causing numerical issues in unrelated code in same process.
可能重新可做 @carsen-stringer 于 131 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
bug

MouseLand/cellpose#1253 · 4 条评论 · 3 个 reaction · 已指派 1 人 · 2025年6月24日创建
Add Native 3-D Volume Training Mode and 3-D + T mask stitching to Cellpose-SAM
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

MouseLand/cellpose#1219 · 2 个 reaction · 2025年6月2日创建
[FEATURE] Support for AMD gpu's (and others) on windows
可能重新可做 @mrariden 于 523 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

MouseLand/cellpose#1169 · 6 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年5月13日创建
[FEATURE] Add flag to disable TQDM spam when running headless
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

MouseLand/cellpose#1146 · 1 条评论 · 2025年4月12日创建
BUG: cluster_templates function returns vastly different waveforms from the one in `templates.npy
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

MouseLand/Kilosort#894 · 5 条评论 · 2025年3月14日创建
FEATURE: <Use spike templates from one sorting run on all subsequent runs>
可能重新可做 @marius10p 于 613 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
MouseLand/Kilosort#860 · 9 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年2月1日创建
BUG: Bruker input using Ch2 only.
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

MouseLand/suite2p#1148 · 2 条评论 · 2024年10月4日创建
Update installation files to newer format
可能重新可做 @jacobpennington 于 746 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

MouseLand/Kilosort#793 · 已指派 1 人 · 2024年10月2日创建

MouseLand

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