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MouseLand

5 repositorios indexados · Ver en GitHub

cellpose
a generalist algorithm for cellular segmentation with human-in-the-loop capabilities

Python · 2369 estrellas
Kilosort
Fast spike sorting with drift correction

Python · 627 estrellas
suite2p
cell detection in calcium imaging recordings

Python · 473 estrellas
stringer-pachitariu-et-al-2018b
Responses of 10,000 neurons to 2,800 natural images

MATLAB · 74 estrellas
stringer-pachitariu-et-al-2018a
Recordings of 10k neurons during spontaneous behaviors

MATLAB · 55 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Unable to open RunSuite2p GUI Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

MouseLand/suite2p#1273 · Abierto el 17/9/2026
[BUG] make_train.py - Tiff label support and mask saving bug Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

MouseLand/cellpose#1495 · Abierto el 14/9/2026
`test_loss` scale/behavior changed between v4.0.8 and latest (v4.2.1.1) when fine-tuning cpsam Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

MouseLand/cellpose#1493 · Abierto el 11/9/2026
[FEATURE] Region Specific Segmentation GUI Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

MouseLand/cellpose#1492 · Abierto el 10/9/2026
LLSM generated 3D images: Compatibility with cpsam_v2 training data requirement Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

MouseLand/cellpose#1491 · Abierto el 9/9/2026
anatomical.select_rois applies the spatial high-pass twice (duplicated line since v1.0.0.1) Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

MouseLand/suite2p#1270 · Abierto el 2/9/2026
baseline='constant' subtracts the minimum over all neurons rather than a per-trace constant Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

MouseLand/suite2p#1269 · Abierto el 2/9/2026
BUG: bidiphase correction corrupts odd scan lines since the torch registration path (v1.0.0.1) Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 83/100

MouseLand/suite2p#1265 · Abierto el 2/9/2026
DOC: Kilosort 2.5/3 rezToPhy writes a scaled identity as whitening_mat.npy (KS2.0 wrote the real Wrot) Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

MouseLand/Kilosort#1047 · Abierto el 1/9/2026
BUG (KS2/2.5/3): get_whitening_matrix normalizes covariance by ceil((Nbatch-1)/nSkipCov) but accumulates floor(..)+1 batches Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

MouseLand/Kilosort#1046 · Abierto el 1/9/2026
BUG: clusters with <=10 spikes export ContamPct = 0.0, the best possible score Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/Kilosort#1044 · Abierto el 1/9/2026
BUG: Typo in swarmsplitter.check_CCG that disables the refractoriness gate Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 78/100

MouseLand/Kilosort#1042 · Abierto el 21/8/2026
[BUG] Distributed_eval segmentation issue Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

MouseLand/cellpose#1489 · Abierto el 20/8/2026
BUG: flipping ROIs removes lam weighting Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/suite2p#1263 · Abierto el 5/8/2026
[BUG] Flow generation is perturbed by neighboring cells Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

MouseLand/cellpose#1486 · Abierto el 4/8/2026
BUG: Left settings panel gets clipped and controls become inaccessible unless window is fullscreen Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

MouseLand/Kilosort#1041 · Abierto el 31/7/2026
Feature request: Controls and Help buttons open external docs instead of showing help in the GUI Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

MouseLand/Kilosort#1040 · 1 comentario · Abierto el 31/7/2026
BUG: make_pc_features can associate PC features with the wrong channel IDs when multiple final clusters share a detection template Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

MouseLand/Kilosort#1039 · 1 comentario · Abierto el 26/7/2026
[BUG] cellpose 3.1.1.1 declares numpy<2.1 but runs on numpy 2.3.5 under Python 3.13 — please relax the pin Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

MouseLand/cellpose#1484 · Abierto el 23/7/2026
[BUG] Stiching fails silently when running distributed cellpose on 2D images Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

MouseLand/cellpose#1482 · Abierto el 27/6/2026
BUG: Array must not contain infs or NaNs Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

MouseLand/suite2p#1252 · Abierto el 20/6/2026
[BUG]New models `cpdino` and `cpdino-vitb` don't work with 4.2.1.1 Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

MouseLand/cellpose#1476 · 3 comentarios · 1 reacción · Abierto el 17/6/2026
[BUG] cpdino models do not run Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/cellpose#1474 · 1 comentario · Abierto el 16/6/2026
Unknown " input and output size" error with suite2p v0.99rc0 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

MouseLand/suite2p#1251 · Abierto el 13/6/2026
Problem with GPU (MPS) Abierto

install

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

MouseLand/cellpose#1468 · 3 comentarios · Abierto el 10/6/2026
BUG: force_sktiff does not work in tiff.ome_to_binary Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 56/100

MouseLand/suite2p#1250 · Abierto el 9/6/2026
Registration in version 1.0 seems to perform worse Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/suite2p#1246 · Abierto el 5/6/2026
[BUG] Occasional glitchy mask during dynamics Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

MouseLand/cellpose#1459 · 3 comentarios · Abierto el 22/5/2026
BUG: Crash during registration if Bidiphase = -1 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

MouseLand/suite2p#1239 · 1 comentario · Abierto el 18/5/2026
[BUG] Filter button not correctly filtering image Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

MouseLand/cellpose#1452 · Abierto el 13/5/2026
BUG: Input buffer size wasn't large enough. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/suite2p#1237 · 2 comentarios · Abierto el 28/4/2026
DOC: Request for additional, explicit information about tau parameter in the documentation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

MouseLand/suite2p#1236 · Abierto el 27/4/2026
[FEATURE] Remote server support for Cellpose GUI inference, training, and annotation Abierto

enhancement low priority

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

MouseLand/cellpose#1424 · 2 comentarios · Abierto el 31/3/2026
[FEATURE] Speed-up for multiple ROI deletion Abierto

enhancement

MouseLand/cellpose#1419 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 24/3/2026
Dendrites detection Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

MouseLand/suite2p#1215 · Abierto el 24/2/2026
Code design: function arguments like db=default_db() are only evaluated at function definition time, not each time the function is called Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/suite2p#1212 · Abierto el 20/2/2026
BUG: Nonrigid registration with a single block along one dimension fails. Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

MouseLand/suite2p#1211 · Abierto el 19/2/2026
BUG: Output overwrite when saving reg_tiff for 2 channels Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

MouseLand/suite2p#1208 · Abierto el 19/2/2026
Suite2p with Qaudro M2000 on Windows Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

MouseLand/suite2p#1207 · Abierto el 18/2/2026
[FEATURE] Add CLAHE as an Optional Preprocessing Step Abierto

enhancement

MouseLand/cellpose#1376 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 27/11/2025
Zarr 3 support for distributed Abierto

distributed enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

MouseLand/cellpose#1375 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 27/11/2025
[INSTALL] issues with numpy > 2.0 Abierto

install

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

MouseLand/cellpose#1350 · 5 comentarios · Abierto el 19/10/2025
[FEATURE] Does distributed_segmentation supports 2D-multi channel image? Abierto

distributed enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

MouseLand/cellpose#1348 · 2 comentarios · Abierto el 16/10/2025
Mask outlines appear fragmented on XZ and YZ projections Abierto

enhancement GUI

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

MouseLand/cellpose#1333 · 1 comentario · Abierto el 29/9/2025
Suite2p GUI shows images “blown out” (too bright) for Thorlabs Bergamo TIFFs, even at minimum slider setting Abierto

GUI

MouseLand/suite2p#1192 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 22/8/2025
FEATURE: Implementation of KS2.5 Prediction and Residual plots Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/Kilosort#971 · 1 comentario · Abierto el 8/8/2025
[BUG] Gaps in interphase and mitotic 3D nuclei when gradXY flows and cell probability look fine Abierto

bug

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

MouseLand/cellpose#1296 · 4 comentarios · Abierto el 5/8/2025
process_block, mismatched shape in zarr Abierto

bug distributed enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

MouseLand/cellpose#1292 · Abierto el 4/8/2025
FEATURE: Saving variables to disk between major steps Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

MouseLand/Kilosort#960 · 1 comentario · Abierto el 9/7/2025
[BUG] cellpose causing numerical issues in unrelated code in same process. Abierto

bug

MouseLand/cellpose#1253 · 4 comentarios · 3 reacciones · 1 asignado · Abierto el 24/6/2025

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