Memory leak with pyplot
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评估
调研方向
从提供的 Julia MWE 和对 pyplot 的 PyCall 调用开始，比较创建绘图和进行垃圾回收与不创建绘图和不进行垃圾回收时的内存使用情况。通过 PyCall 跟踪返回的 fig 和 plot 对象；完成的标准是识别并修复被保留的引用，使重复绘图不再导致内存无限增长。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
When I create matplotlib.pyplot plots, the memory keeps increasing and is not released by the garbage collector. The following is the case I'm interested in (with subplots) and bellow I include a more basic MWE.
Example with subplots
using PyCall
plt = pyimport("matplotlib.pyplot")
function test_pyplot()
for i in 1:10000
@info i
z = rand(4, 50)
ẑ = rand(4, 50)
fig, axs = plot_pyplot(z, ẑ)
end
end
function plot_pyplot(z, ẑ)
# plt = pyimport("matplotlib.pyplot")
N = Int(size(z, 1)/2)
fig, axs = plt.subplots(2, N)
for i in 1:N
axs[1,i].plot(z[i,:], label = "true")
axs[1,i].plot(ẑ[i,:], label = "model")
axs[2,i].plot(z[i+N,:], label = "true")
axs[2,i].plot(ẑ[i+N,:], label = "predicted")
axs[2,i].set_xlabel("time steps")
axs[i].grid(true)
axs[i+N].grid(true)
axs[i+N].label_outer()
axs[i].label_outer()
end
# plt.close()
return fig, axs
end
test_pyplot()
I tried defining plt and closing it inside the plot_pyplot function (commented lines) but it doesn't solve the memory leak.
Here you have a simpler MWE:
using PyCall
plt = pyimport("matplotlib.pyplot")
plot_pyplot(z) = plt.plot(z)
function test_pyplot()
for i in 1:1000000
@info i
z = rand(50)
fig = plot_pyplot(z)
end
end
Version info and status
julia> versioninfo()
Julia Version 1.8.2
Commit 36034abf260 (2022-09-29 15:21 UTC)
Platform Info:
OS: macOS (arm64-apple-darwin21.3.0)
CPU: 8 × Apple M1 Pro
WORD_SIZE: 64
LIBM: libopenlibm
LLVM: libLLVM-13.0.1 (ORCJIT, apple-m1)
Threads: 1 on 6 virtual cores
(memory_leak) pkg> st
Status `~/Documents/issues/memory_leak/Project.toml`
[438e738f] PyCall v1.94.1
I need to use pyplot directly from PyCall.jl and not through PyPlot.jl because I need to pass the fig object to Wandb.jl. Actually, maybe I could get that object from PyPlot.jl, I didn't try that yet. But since I found the bug here, I think it can be helpful to report it anyway.
- 主要语言
- Julia
- 星标
- 1.5k
- 派生
- 186
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
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