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Memory leak with pyplot

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
julia, python
Área
tooling

Línea de trabajo

Comienza con el MWE de Julia proporcionado y las llamadas de PyCall a pyplot, comparando el uso de memoria con y sin crear gráficos y ejecutar la recolección de basura. Rastrea los objetos fig y plot devueltos a través de PyCall; el trabajo estará terminado cuando se identifiquen y corrijan las referencias retenidas, de modo que el trazado repetido ya no provoque un crecimiento de memoria ilimitado.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

When I create matplotlib.pyplot plots, the memory keeps increasing and is not released by the garbage collector. The following is the case I'm interested in (with subplots) and bellow I include a more basic MWE.

Example with subplots 
using PyCall
plt = pyimport("matplotlib.pyplot")

function test_pyplot()
    for i in 1:10000
        @info i
        z = rand(4, 50)
        ẑ = rand(4, 50)
        fig, axs = plot_pyplot(z, ẑ)
    end
end

function plot_pyplot(z, ẑ)
    # plt = pyimport("matplotlib.pyplot")
    N = Int(size(z, 1)/2)
    fig, axs = plt.subplots(2, N)
    for i in 1:N
        axs[1,i].plot(z[i,:], label = "true")
        axs[1,i].plot(ẑ[i,:], label = "model")

        axs[2,i].plot(z[i+N,:], label = "true")
        axs[2,i].plot(ẑ[i+N,:], label = "predicted")

        axs[2,i].set_xlabel("time steps")
        axs[i].grid(true)
        axs[i+N].grid(true)

        axs[i+N].label_outer()
        axs[i].label_outer()
    end
    # plt.close()
    return fig, axs
end

test_pyplot()

I tried defining plt and closing it inside the plot_pyplot function (commented lines) but it doesn't solve the memory leak.

Here you have a simpler MWE:

using PyCall
plt = pyimport("matplotlib.pyplot")

plot_pyplot(z) = plt.plot(z)

function test_pyplot()
    for i in 1:1000000
        @info i
        z = rand(50)
        fig = plot_pyplot(z)
    end
end
Version info and status 
julia> versioninfo()
Julia Version 1.8.2
Commit 36034abf260 (2022-09-29 15:21 UTC)
Platform Info:
  OS: macOS (arm64-apple-darwin21.3.0)
  CPU: 8 × Apple M1 Pro
  WORD_SIZE: 64
  LIBM: libopenlibm
  LLVM: libLLVM-13.0.1 (ORCJIT, apple-m1)
  Threads: 1 on 6 virtual cores

(memory_leak) pkg> st
Status `~/Documents/issues/memory_leak/Project.toml`
  [438e738f] PyCall v1.94.1

I need to use pyplot directly from PyCall.jl and not through PyPlot.jl because I need to pass the fig object to Wandb.jl. Actually, maybe I could get that object from PyPlot.jl, I didn't try that yet. But since I found the bug here, I think it can be helpful to report it anyway.

Lenguaje dominante
Julia
Estrellas
1.5k
Forks
186
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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