Import of BigWig files with rtracklayer fails under MultiCoreParam
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- r
调研方向
Start by running the reproducible example with bplapply, comparing SerialParam and MulticoreParam around rtracklayer's import and empty BigWig tiles. Trace the interaction between MulticoreParam workers and import, then confirm the cause and define a regression check covering empty and non-empty regions.
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
I'm seeing a weird bug in in my CAGEfightR package when trying to import BigWigFiles.
Here's a reproducible example:
# Load the example data
library(BiocParallel)
library(rtracklayer)
library(CAGEfightR)
data('exampleDesign')
# Example bigwig files
bw_plus <- system.file('extdata', exampleDesign$BigWigPlus,
package = 'CAGEfightR')
bw_plus <- BigWigFileList(bw_plus)
# Genome
mm9 <- SeqinfoForUCSCGenome("mm9")
grl <- tileGenome(mm9, ntile=3)
# Import, knowing that some areas will be empty
import(bw_plus[[1]], which=grl[[1]]) # empty
import(bw_plus[[1]], which=grl[[2]]) # empty
import(bw_plus[[1]], which=grl[[3]]) # has signal
# This works
lapply(bw_plus, import, which=grl[[1]])
lapply(bw_plus, import, which=grl[[2]])
lapply(bw_plus, import, which=grl[[3]])
# This works
register(SerialParam())
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[1]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[2]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[3]])
# This works
register(MulticoreParam(3))
bplapply(bw_plus, import)
# This fails!
register(MulticoreParam(3))
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[1]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[2]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[3]])
To summarize:
- You can import entire BigWig-files using bplapply.
- You can import part of a BigWig using bplapply and SerialParam
- You cannot import an empty tile from a BigWig file with bplapply and MultiCoreParam.
What's causing this strange behavior?
- 主要语言
- R
- 星标
- 69
- 派生
- 32
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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