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Import of BigWig files with rtracklayer fails under MultiCoreParam

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
distributed-systems

Direzione di ricerca

Start by running the reproducible example with bplapply, comparing SerialParam and MulticoreParam around rtracklayer's import and empty BigWig tiles. Trace the interaction between MulticoreParam workers and import, then confirm the cause and define a regression check covering empty and non-empty regions.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I'm seeing a weird bug in in my CAGEfightR package when trying to import BigWigFiles.

Here's a reproducible example:

# Load the example data
library(BiocParallel)
library(rtracklayer)
library(CAGEfightR)
data('exampleDesign')

# Example bigwig files
bw_plus <- system.file('extdata', exampleDesign$BigWigPlus,
                       package = 'CAGEfightR')
bw_plus <- BigWigFileList(bw_plus)

# Genome
mm9 <- SeqinfoForUCSCGenome("mm9")
grl <- tileGenome(mm9, ntile=3)

# Import, knowing that some areas will be empty
import(bw_plus[[1]], which=grl[[1]]) # empty
import(bw_plus[[1]], which=grl[[2]]) # empty
import(bw_plus[[1]], which=grl[[3]]) # has signal

# This works
lapply(bw_plus, import, which=grl[[1]])
lapply(bw_plus, import, which=grl[[2]])
lapply(bw_plus, import, which=grl[[3]])

# This works
register(SerialParam())
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[1]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[2]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[3]])

# This works
register(MulticoreParam(3))
bplapply(bw_plus, import)

# This fails!
register(MulticoreParam(3))
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[1]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[2]])
bplapply(bw_plus, import, which=grl[[3]])

To summarize:

  • You can import entire BigWig-files using bplapply.
  • You can import part of a BigWig using bplapply and SerialParam
  • You cannot import an empty tile from a BigWig file with bplapply and MultiCoreParam.

What's causing this strange behavior?

Lingua principale
R
Stelle
69
Fork
32
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

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Come iniziare

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