nmfs-ost/ss3-source-code

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The source code for Stock Synthesis (SS3).

星號: 46
分支: 19
開放的新手 issue: 0
已索引 issue: 44

主要語言: C++
授權條款: CC0-1.0
最近 GitHub push: 2026年7月28日
最近索引: 2026年9月19日
貢獻指南: 貢獻指南
行為準則: 行為準則
新手標籤: 沒有已索引的新手標籤
PR 合併指標: 30 天內沒有已合併 PR

適合新手全部

未關閉全部

need warning and improved logic for generalized sizecomp 未關閉

composition in progress

nmfs-ost/ss3-source-code#751 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2026年2月2日建立
[Feature]: Add standard errors for area-specific quantities 未關閉

area & movement

nmfs-ost/ss3-source-code#731 · 3 則留言 · 已指派 1 人 · 2025年9月16日建立
[Feature]: Create a basic report list that could serve as better starting configuration for customization 未關閉

misc. output

nmfs-ost/ss3-source-code#723 · 已指派 1 人 · 2025年9月9日建立
[Feature]: restrict biology output using the use_morph(g) flag 未關閉

biology misc. output ongoing

nmfs-ost/ss3-source-code#702 · 已指派 1 人 · 2025年8月18日建立
[Feature]: mean vs median recruitment when using SCAA option 未關閉

recruitment

nmfs-ost/ss3-source-code#696 · 已指派 1 人 · 2025年7月31日建立
[Feature]: dedicated option for timesteps as continuous seasons 未關閉

misc. input recruitment wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#660 · 已指派 1 人 · 2025年3月17日建立
[Feature]: Implement calculation of effective degrees of freedom 未關閉

in progress new request statistics wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#651 · 13 則留言 · 已指派 3 人 · 2025年1月13日建立
[Refactor]: bio_yr and bio_t_base are little used and should be replaceable 未關閉

misc. internal calc quick

nmfs-ost/ss3-source-code#626 · 已指派 1 人 · 2024年10月4日建立
[Feature]: Cohort growth deviation added to Linf (or L2) 未關閉

EPIC:GROWTH_M25 growth wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#599 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2024年5月14日建立
[Bug]: "inf" value in bootstrap of mean size-at-age data for ages with sample size 0 未關閉

bug misc. output quick

nmfs-ost/ss3-source-code#598 · 已指派 1 人 · 2024年5月2日建立
[Feature]: Mean recruitment adjustment 未關閉

benchmark - MSY in progress recruitment

nmfs-ost/ss3-source-code#594 · 17 則留言 · 已指派 2 人 · 2024年4月26日建立
[Feature]: Revise recdev_bias adjustment to be a customizable list of line segments 未關閉

recruitment

nmfs-ost/ss3-source-code#588 · 已指派 1 人 · 2024年4月17日建立
[Refactor]: create function for t=f(y,s) 未關閉

misc. internal calc quick

nmfs-ost/ss3-source-code#578 · 已指派 1 人 · 2024年3月11日建立
[Feature]: add discard body weights to wtatage.ss 未關閉

discard & retention duplicate wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#575 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2024年2月27日建立
[Refactor]: DM for age discard 未關閉

discard & retention

nmfs-ost/ss3-source-code#573 · 已指派 1 人 · 2024年2月22日建立
[Bug]: crash when do_recdev = 0 is combined with SRR option 7 (but work-around is available) 未關閉

recruitment

nmfs-ost/ss3-source-code#560 · 已指派 1 人 · 2024年2月1日建立
[Feature]: Apply the depletion survey (option 34) with an initial year that is not unfished 未關閉

nmfs-ost/ss3-source-code#529 · 5 則留言 · 已指派 1 人 · 2023年11月14日建立
[Feature]: update dynamic Bzero to work with recdev options 3&4 未關閉

misc. internal calc recruitment

nmfs-ost/ss3-source-code#507 · 已指派 1 人 · 2023年9月26日建立
[Feature]: add option to input matrix of M by year & age 未關閉

natural mortality wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#503 · 已指派 1 人 · 2023年9月19日建立
[Feature]: Add generalized gamma index likelihood 未關閉

statistics survey_&_Q wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#497 · 16 則留言 · 已指派 3 人 · 2023年8月18日建立
[Feature]: Add capability for seasonal offset in a CPUE catchability 未關閉

duplicate new request survey_&_Q time-vary parm wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#481 · 已指派 1 人 · 2023年7月21日建立
[Feature]: Add age range option to 2DAR selectivity 未關閉

new request selectivity

nmfs-ost/ss3-source-code#461 · 已指派 3 人 · 2023年6月2日建立
[Feature]: Option to omit age_error definitions 未關閉

composition new request quick

nmfs-ost/ss3-source-code#459 · 已指派 2 人 · 2023年6月1日建立
[Feature]: add suggestion to warning files for F_method 2 or 3 to nudge users towards F_method 4 未關閉

fishing mortality new request quick warnings

nmfs-ost/ss3-source-code#445 · 已指派 2 人 · 2023年5月18日建立
[Feature]: Include MSY options selected in Report.sso 未關閉

misc. output new request question

nmfs-ost/ss3-source-code#294 · 2 則留言 · 已指派 2 人 · 2022年4月19日建立
[Feature]: Allow survey index to be either total or retained catch 未關閉

new request wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#275 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2022年3月16日建立
[Feature]: Multivariate-Tweedie for age/length compositional likelihood 未關閉

composition Epic: Data weighting improvement FIMS in progress statistics wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#266 · 34 則留言 · 已指派 1 人 · 2022年3月7日建立
[Feature]: Report forecast catch with and without 40:10 adjustment (or equivalent) 未關閉

forecast misc. output new request wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#193 · 3 則留言 · 已指派 1 人 · 2021年8月12日建立
[Feature]: Output body weight-at-age of retained and discarded fish when retention function is used 未關閉

code review misc. output wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#81 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Develop design matrix approach to share movement parameters 未關閉

area & movement Epic: Improve movement wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#60 · 3 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Equilibrium growth for equilibrium calculations 未關閉

benchmark - MSY Epic: Equilibrium calcs hard wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#58 · 2 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Seasonal effects for catchability and selectivity 未關閉

duplicate survey_&_Q time-vary parm wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#53 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Condition factor 未關閉

biology wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#50 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Movement is fxn of mean length-at-age 未關閉

area & movement Epic: Improve movement wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#49 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Virtual availability 未關閉

area & movement hard wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#39 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
Implementing new recruitment dev vector approach 未關閉

essay topic recruitment

nmfs-ost/ss3-source-code#37 · 13 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Refactor]: Dynamic spawner-recruitment logic in benchmarks and projections 未關閉

Epic: Equilibrium calcs on hold recruitment wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#36 · 6 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
Document and sim test recruitment dev_vector options 未關閉

essay topic needs testing recruitment

nmfs-ost/ss3-source-code#29 · 6 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Bug]: Richards growth coefficient range 未關閉

bug EPIC:GROWTH_M25 growth question

nmfs-ost/ss3-source-code#23 · 2 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
review implementation of parameter random effects 未關閉

Epic: Improve parameters essay topic needs testing time-vary parm

nmfs-ost/ss3-source-code#20 · 16 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Input prior on derived selectivity 未關閉

Epic: Improve parameters selectivity statistics wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#13 · 3 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Add other options to _CV_Growth_Pattern for log(SD) 未關閉

EPIC:GROWTH_M25 growth wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#9 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Report more info on deviations to PARAMETERS section of Report.sso 未關閉

Epic: Improve parameters misc. output wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#8 · 1 則留言 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立
[Feature]: Year-specific MSY 未關閉

benchmark - MSY Epic: Improve bmarks/fcast hard wishlist

nmfs-ost/ss3-source-code#3 · 已指派 1 人 · 2020年11月5日建立

nmfs-ost/ss3-source-code

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