GBSG/SUPPORT data tasks and curve evaluation for the merged SurvivalMDN

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,357 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
machine-learning

Hướng nghiên cứu

Start with the contributor guide, the merged SurvivalMDN work in #1279, and the collaborator's fork PR to understand what is already underway. The proposed work spans GBSG and Support2Dataset tasks, survival-curve metrics, examples, tests, and API documentation; first get maintainer guidance on scope and PR boundaries before treating it as a bounded contribution.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi PyHealth team,

I'm working with @enjaybaze on a reusable survival workflow around the SurvivalMDN merged in #1279. Following your contributor guide, I'd like to check the scope with you before opening an upstream PR.

Our proposed contribution adds:

  • A GBSG dataset loader and time-to-event tasks for GBSG and the existing Support2Dataset. The tasks emit separate duration/event tensors for the merged model and standard Trainer.
  • Helpers for the authors' ten released splits of both datasets, with documented time conventions and training-only preprocessing.
  • Reusable survival-curve metrics, including time-dependent concordance, IBS, IBLL and censoring-aware D-calibration. The paper-reference and aligned-grid evaluation conventions are reported separately.
  • Runnable training and checkpoint-reload examples, an optional Cox/DeepSurv benchmark, synthetic tests and API documentation.

The upstream SurvivalMDN model, its existing tests and Trainer are unchanged. Our current review branch is on my collaborator's fork: https://github.com/enjaybaze/PyHealth/pull/2. Its core, NLP and contribution CI checks pass. Additional CPU/CUDA pilots cover both datasets, checkpoint reload and saved-result reuse.

Would this scope be useful for PyHealth? Would you prefer one PR, or a smaller first PR for GBSG and the tasks with the general metrics and benchmark reviewed separately? I'd also appreciate any naming or integration guidance before we submit.

Thanks,
Aritra

Ngôn ngữ chính
Python
Star
1.7k
Fork
803
Merge trung bình
4 ngày 18 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
58

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của sunlabuiuc/PyHealth

Tất cả issue của sunlabuiuc/PyHealth

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.