Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Inconsistent Pareto k-values for SIS?

Đang mở
#227 10 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Tái hiện ví dụ với psis(), sis(), weights()pareto_k_values() bằng example_loglik_array()r_eff được cung cấp. So sánh các giá trị Inf từ SIS fallback với các kết quả SIS tường minh, sau đó xác định hành vi dự kiến của các giá trị k Pareto và bao phủ kết quả đã thống nhất bằng một regression test.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

I noticed that there might be an inconsistency in the Pareto k-values between different approaches for standard importance sampling (SIS):

library(loo)
log_ratios <- -1 * example_loglik_array()
log_ratios <- log_ratios[1:3, , ]
r_eff <- relative_eff(exp(-log_ratios))

# Call psis():
psis_result <- psis(log_ratios, r_eff = r_eff)
# In fact, SIS was used (due to the small number of draws):
lw_sis <- apply(log_ratios, 3, as.vector)
lw_sis <- sweep(lw_sis, 2, apply(lw_sis, 2, matrixStats::logSumExp))
stopifnot(all.equal(weights(psis_result), lw_sis,
                    tolerance = .Machine$double.eps))

# Now request SIS explicitly:
sis_result <- sis(log_ratios, r_eff = r_eff)
# The (log) weights are as expected:
stopifnot(all.equal(weights(sis_result), lw_sis,
                    tolerance = .Machine$double.eps))

# However:
table(pareto_k_values(psis_result))
## Inf
##  32
table(pareto_k_values(sis_result))
##  0
## 32

The point is that calling psis() with a small number of draws will cause the Pareto smoothing not to take place. Instead, SIS is used, as demonstrated above. In that case, the Pareto k-values are Inf. When using sis() explicitly, the Pareto k-values are 0.

Background: In projpred, it is possible (although not encouraged and in particular, this is not the default behavior) to use PSIS-LOO CV with the search being excluded from the CV (validate_search = FALSE) and a small number of thinned draws. In principle, projpred could use sis() explicitly in such a case (and then either continue with the Pareto k-values which are all 0 or even skip the Pareto k checks), but that requires to catch the "small S" case manually (which is not a problem, but if loo changes anything in its "small S" decision rule in the future, this would require adapting projpred's decision rule analogously). Using psis() would be more straightforward, but then we have Pareto k-values which are Inf, which would trigger warnings in the Pareto k checks.

Ngôn ngữ chính
R
Star
157
Fork
38
Merge trung bình
4 ngày 16 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
2

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của stan-dev/loo

Tất cả issue của stan-dev/loo

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.