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Inconsistent Pareto k-values for SIS?

オープン
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評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
35/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
停滞
技術スタック
r
領域
data

調査の方向性

example_loglik_array() と示されている r_eff を使って、psis()sis()weights()pareto_k_values() の例を再現してください。SIS フォールバックの Inf 値と明示的な SIS の結果を比較し、その後、Pareto k 値の意図された挙動を判断して、合意した結果を回帰テストでカバーしてください。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

I noticed that there might be an inconsistency in the Pareto k-values between different approaches for standard importance sampling (SIS):

library(loo)
log_ratios <- -1 * example_loglik_array()
log_ratios <- log_ratios[1:3, , ]
r_eff <- relative_eff(exp(-log_ratios))

# Call psis():
psis_result <- psis(log_ratios, r_eff = r_eff)
# In fact, SIS was used (due to the small number of draws):
lw_sis <- apply(log_ratios, 3, as.vector)
lw_sis <- sweep(lw_sis, 2, apply(lw_sis, 2, matrixStats::logSumExp))
stopifnot(all.equal(weights(psis_result), lw_sis,
                    tolerance = .Machine$double.eps))

# Now request SIS explicitly:
sis_result <- sis(log_ratios, r_eff = r_eff)
# The (log) weights are as expected:
stopifnot(all.equal(weights(sis_result), lw_sis,
                    tolerance = .Machine$double.eps))

# However:
table(pareto_k_values(psis_result))
## Inf
##  32
table(pareto_k_values(sis_result))
##  0
## 32

The point is that calling psis() with a small number of draws will cause the Pareto smoothing not to take place. Instead, SIS is used, as demonstrated above. In that case, the Pareto k-values are Inf. When using sis() explicitly, the Pareto k-values are 0.

Background: In projpred, it is possible (although not encouraged and in particular, this is not the default behavior) to use PSIS-LOO CV with the search being excluded from the CV (validate_search = FALSE) and a small number of thinned draws. In principle, projpred could use sis() explicitly in such a case (and then either continue with the Pareto k-values which are all 0 or even skip the Pareto k checks), but that requires to catch the "small S" case manually (which is not a problem, but if loo changes anything in its "small S" decision rule in the future, this would require adapting projpred's decision rule analogously). Using psis() would be more straightforward, but then we have Pareto k-values which are Inf, which would trigger warnings in the Pareto k checks.

主要言語
R
スター
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