Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

to_polygons(labels) turns a label containing a hole into an invalid MultiPolygon with the hole counted as area

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,235 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
64/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
numpy, python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với src/spatialdata/_core/operations/vectorize.py::_region_props_to_polygon và chạy repro.py được cung cấp bằng uv. So sánh hình học thu được với Polygon hợp lệ được mong đợi, chứa một vòng bên trong và diện tích 24.0, sau đó thêm một bài kiểm thử hồi quy cho trường hợp vòng được gắn nhãn nếu có thể xác định vị trí kiểm thử trong repository.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug 🚨 element: labels 🏷️ method: vectorize ◃ needs: triage priority: medium

[!NOTE]
This whole message is AI-generated. The issue was automatically discovered and reported by an AI agent (Claude) during an autonomous bug hunt on the spatialdata code base. It has not been verified or triaged by a human yet; the needs: triage label is set so that a maintainer can confirm it. The reproduction script below was executed by the agent in an isolated environment (see Environment) and its output is pasted verbatim.

Summary

A 5×5 label with a 1-pixel hole (true area 24) becomes MultiPolygon, is_valid=False, area 25.0. Inner contours should become interiors of the enclosing polygon.

Severity (agent's assessment): medium — invalid geometries break downstream sjoin/overlay/clip; 24 of 3,556 polygons are invalid on the CosMx sandbox dataset

Where: src/spatialdata/_core/operations/vectorize.py::_region_props_to_polygon (every contour from skimage.measure.find_contours becomes an independent Polygon wrapped in a MultiPolygon)

Expected behaviour

A valid Polygon with one interior ring and area 24.

Reproduction

Save as repro.py and run uv run repro.py (the PEP 723 header pins spatialdata to the commit the bug was found on; replace the URL fragment with @main to test the current main branch).

# /// script
# requires-python = ">=3.12"
# dependencies = [
#     "spatialdata @ git+https://github.com/scverse/spatialdata.git@ccf1ea048d054b6624214bf618008a9f9ae223e0",
# ]
# ///
"""to_polygons(labels) turns a label with a hole into an invalid MultiPolygon whose area includes the hole."""
import warnings
import numpy as np
from spatialdata import to_polygons
from spatialdata.models import Labels2DModel

warnings.simplefilter("ignore")
arr = np.zeros((7, 7), dtype=np.uint16)
arr[1:6, 1:6] = 1
arr[3, 3] = 0  # 5x5 square with a one-pixel hole -> true area 24
polys = to_polygons(Labels2DModel.parse(arr))
g = polys.geometry.iloc[0]
print(f"geometry type={g.geom_type}, is_valid={g.is_valid}, area={g.area} (expected: valid Polygon with one interior, area 24.0)")
bug = (not g.is_valid) or abs(g.area - 24.0) > 1e-9
print("VERDICT:", "BUG REPRODUCED" if bug else "NOT REPRODUCED")
Observed output
geometry type=MultiPolygon, is_valid=False, area=25.0 (expected: valid Polygon with one interior, area 24.0)
VERDICT: BUG REPRODUCED

Possible fix direction (unverified)

Build polygons with shapely.polygonize/build_area from the contour rings, or classify contours by containment (Polygon(outer, holes=[...])); add make_valid() as a safety net and a test with a labelled ring.

Environment

uv run repro.py with the PEP 723 metadata in the script (fresh, isolated environment; spatialdata built from main @ ccf1ea0 (2026-08-28); Python 3.13, latest releases of the dependencies at run time: pandas 3.0, anndata 0.13, zarr 3.3, dask 2026.8, numpy 2.5, geopandas 1.1, shapely 2.1). macOS (arm64). Also reproduced in a second environment with pandas 2.3.3 / anndata 0.12.11 / numpy 2.4.4 / zarr 3.2.1.

Automatically generated; discovered by an AI agent (Claude) and not yet reviewed by a human.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
394
Fork
95
Merge trung bình
3 ngày 9 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
5

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của scverse/spatialdata

Tất cả issue của scverse/spatialdata

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.