openvax/varcode

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• Use the shared OpenVax Sid union panel (iskandr/osteosarc#56) for osteosarc variants and SVs

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  openvax/varcode#528 · コメント 1 件 · 2026年9月26日 に作成

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• RnaReadPhasing counts (ref v1, alt v2) reads as trans, which misfires for germline or nested-subclone pairs

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  openvax/varcode#527 · 2026年9月25日 に作成

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• Avoid redundant full CI matrices for branch pushes and pull requests

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  openvax/varcode#514 · 2026年9月24日 に作成

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• Source distribution ships test modules without required fixtures and helpers

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  openvax/varcode#509 · 2026年9月24日 に作成

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• Compose mixed inherited and somatic haplotypes without reapplying inherited alleles

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  openvax/varcode#500 · 2026年9月24日 に作成

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• Map Exacto observations and represent reference completion as explicit hypotheses

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  openvax/varcode#499 · 2026年9月24日 に作成

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• Test reference cache probe triggers downloads for every uninstalled Ensembl release

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  openvax/varcode#493 · 2026年9月24日 に作成

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• Inherit native PyEnsembl reference DNA in the Genome wrapper

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  openvax/varcode#488 · 2026年9月23日 に作成

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• Remove tests that can't fail: fast-path self-comparison, Protocol isinstance checks, hasattr surveys

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  openvax/varcode#479 · コメント 2 件 · 2026年9月21日 に作成

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• Interpret junctions, frameshifts, and extensions in mapped partial SV observations

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  openvax/varcode#466 · 2026年9月18日 に作成

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• Adopt shared checksum-pinned osteosarc test assets for RNA-backed effect comparisons

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  openvax/varcode#464 · コメント 1 件 · 2026年9月18日 に作成

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• Effect strings in CSV: SpliceOutcomeSet hides alternatives, REF==ALT records become Silent p.335=, 1-bp deletions use a range

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  openvax/varcode#436 · 2026年9月15日 に作成

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• UCSC unplaced contigs (chrUn_gl000216) aren't mapped, and one aborts annotation of the whole VCF

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  openvax/varcode#435 · コメント 1 件 · 2026年9月15日 に作成

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• ReferenceMismatchError shows transcript-strand bases, so the mismatch reads backwards on minus-strand genes

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  openvax/varcode#434 · 2026年9月15日 に作成

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• CLI prints results as a logger repr on stdout; varcode and varcode-genes CSVs use different columns

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  openvax/varcode#432 · 2026年9月15日 に作成

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• Design: one pipeline for splice, germline-phase, haplotype and SV effects (varcode 8)

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  openvax/varcode#423 · コメント 5 件 · 2026年9月15日 に作成

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• Splice, germline-phase, haplotype and SV uncertainty don't compose

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  openvax/varcode#421 · 2026年9月15日 に作成

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• deploy.sh doesn't bump, tag, or guard as AGENTS.md says; no tags for 2.0.0–5.0.6

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  openvax/varcode#414 · 2026年9月14日 に作成

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• CHANGELOG: 2.3.1–5.0.6 have no sections; their notes are filed under 6.0.0

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  openvax/varcode#411 · 2026年9月14日 に作成

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• Structural variant effects() is very slow at some loci and for large typed SVs

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  openvax/varcode#407 · 2026年9月11日 に作成

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• varcode.transforms.combine_cis_snvs — combine in-cis adjacent SNVs into MNVs

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  openvax/varcode#368 · コメント 1 件 · 2026年5月11日 に作成

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• Splice signal downgrade when germline already disrupts the signal

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  openvax/varcode#363 · 2026年5月11日 に作成

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• [#271 stage 3 planning] SequenceDiffAnnotator design, naming, and reordered staging

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  openvax/varcode#304 · コメント 2 件 · 2026年4月15日 に作成

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• Unified MultiOutcomeEffect / OutcomeSet generalization across splice, readthrough, germline, and RNA evidence

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  openvax/varcode#299 · 2026年4月14日 に作成

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• Boundary-codon reconstruction for exon skip protein math

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  openvax/varcode#298 · 2026年4月14日 に作成

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• ML-based splice prediction for variants outside canonical splice windows

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  openvax/varcode#297 · 2026年4月14日 に作成

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• Foundational refactor: MutantTranscript abstraction

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  openvax/varcode#271 · 2026年4月12日 に作成

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• Personal genome / haplotype-aware effect prediction (umbrella)

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  openvax/varcode#270 · 2026年4月12日 に作成

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• Phasing: cis/trans-aware effect prediction for nearby variants

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  openvax/varcode#269 · 2026年4月12日 に作成

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• Germline-aware effect prediction (umbrella)

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  openvax/varcode#268 · コメント 2 件 · 2026年4月12日 に作成

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• Support VCF symbolic alleles and breakends as extended variant types

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  openvax/varcode#264 · 2026年4月12日 に作成

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• Load structural variant sequences from Exacto

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  openvax/varcode#261 · コメント 2 件 · 2026年4月11日 に作成

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• Add loader for Exacto output formats

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  openvax/varcode#260 · コメント 2 件 · 2026年4月11日 に作成

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• Incorporate RNA-level evidence for variant effects

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  openvax/varcode#259 · コメント 2 件 · 2026年4月11日 に作成

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• Support externally generated variant annotations

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  openvax/varcode#258 · 2026年4月11日 に作成

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• Add structural variant types (translocations, inversions, duplications, breakpoints)

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  openvax/varcode#257 · 2026年4月11日 に作成

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• Add variant and effect classes for gene fusions

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  openvax/varcode#252 · リアクション 1 件 · 2024年5月2日 に作成

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• Make liftover between genomes explicit method

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  openvax/varcode#243 · 2019年10月7日 に作成

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• Allow specification of ensembl release as part of genome on commandline

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  openvax/varcode#214 · 2017年3月3日 に作成

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• Provide mutation info with StartLosses

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  openvax/varcode#206 · コメント 1 件 · 2016年12月9日 に作成

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• Annotate all transcripts

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  openvax/varcode#195 · コメント 4 件 · 2016年10月4日 に作成

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• Variant effects should contain mutated_sequence

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  openvax/varcode#179 · コメント 2 件 · 2016年9月15日 に作成

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• Rename `start` to `pos`

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  openvax/varcode#143 · コメント 4 件 · 2016年4月18日 に作成

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• Change meaning of ref and alt fields

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  openvax/varcode#142 · 2016年4月18日 に作成

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• consider memoizing smarter

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  openvax/varcode#133 · 2015年12月14日 に作成

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• support filtering a VariantCollection according to an intervals list file

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  openvax/varcode#59 · コメント 2 件 · 2015年4月15日 に作成

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• Make `priority` a computed property of effects

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  openvax/varcode#54 · 2015年3月30日 に作成

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• Switch to interbase coordinates

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  openvax/varcode#40 · コメント 2 件 · 2015年3月24日 に作成

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