KM with CI ribbon does not show correctly with plotnine

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,006 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
42/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data-visualization

Hướng nghiên cứu

Tái hiện ví dụ bằng cách sử dụng dữ liệu sống sót và khoảng tin cậy đã được gộp, sau đó kiểm tra hành vi của p9.geom_step và p9.geom_ribbon khi sử dụng cùng nhau. So sánh dải được kết xuất với biểu đồ lifelines và xác định liệu vấn đề nằm ở việc căn chỉnh dữ liệu được cung cấp hay ở quá trình kết xuất của plotnine; hoàn thành khi khoảng tin cậy bám đúng theo đường cong sống sót.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Question

Using default code

from lifelines.datasets import load_dd
data = load_dd()
kmf = KaplanMeierFitter()
kmf.fit(data["duration"], event_observed=data["observed"])
kmf.plot_survival_function()
plt.xlim(0, 20)
plt.show()

produces KM curve with CI ribbon as expected, attached.
However, combined with the following this plotnine code

km_df = kmf.survival_function_.reset_index()
km_df.columns = ["Time", "Survival"]

ci_df = kmf.confidence_interval_.reset_index()
ci_df.columns = ["Time", "Lower", "Upper"]
km_merged = km_df.merge(ci_df, on="Time")

(
p9.ggplot(km_merged, p9.aes(x="Time", y="Survival")) +
p9.geom_step(size=1.2, color="blue") +
p9.geom_ribbon(p9.aes(ymin="Lower", ymax="Upper"), alpha=0.25, fill="blue")
)

the CI ribbon is not computed/aligned correctly with the survival function, see attached.
Any idea what is going wrong?

Image Image
Ngôn ngữ chính
Python
Star
4.8k
Fork
260
Merge trung bình
2 ngày 12 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
4

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của has2k1/plotnine

Tất cả issue của has2k1/plotnine

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.