KM with CI ribbon does not show correctly with plotnine

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
42/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data-visualization

Direzione di ricerca

Riproduci l’esempio usando i dati uniti di sopravvivenza e intervallo di confidenza, quindi esamina insieme il comportamento di p9.geom_step e p9.geom_ribbon. Confronta la fascia renderizzata con il grafico di lifelines e determina se il problema riguarda l’allineamento dei dati forniti o il rendering di plotnine; il lavoro è completato quando l’intervallo di confidenza segue correttamente la curva di sopravvivenza.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Question

Using default code

from lifelines.datasets import load_dd
data = load_dd()
kmf = KaplanMeierFitter()
kmf.fit(data["duration"], event_observed=data["observed"])
kmf.plot_survival_function()
plt.xlim(0, 20)
plt.show()

produces KM curve with CI ribbon as expected, attached.
However, combined with the following this plotnine code

km_df = kmf.survival_function_.reset_index()
km_df.columns = ["Time", "Survival"]

ci_df = kmf.confidence_interval_.reset_index()
ci_df.columns = ["Time", "Lower", "Upper"]
km_merged = km_df.merge(ci_df, on="Time")

(
p9.ggplot(km_merged, p9.aes(x="Time", y="Survival")) +
p9.geom_step(size=1.2, color="blue") +
p9.geom_ribbon(p9.aes(ymin="Lower", ymax="Upper"), alpha=0.25, fill="blue")
)

the CI ribbon is not computed/aligned correctly with the survival function, see attached.
Any idea what is going wrong?

Image Image
Lingua principale
Python
Stelle
4.8k
Fork
260
Merge medio
2g 12h
PR unite (30g)
4

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