Don't understand dandi validation error:

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,623 10 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
cli

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách tái hiện lỗi xác thực đã được báo cáo với cấu trúc NWB được hiển thị, sau đó lần theo các điểm bắt đầu xác thực của dandi organize và dandi upload. So sánh trường id được hiển thị của DynamicTable với kiểu ElementIdentifiers mà trình xác thực mong đợi. Công việc được xem là hoàn tất khi nguyên nhân và cách xử lý cần thiết được ghi lại hoặc đường dẫn xác thực xử lý đúng trường hợp này, kèm theo một bài kiểm thử hồi quy.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

I'm attempting to run dandi organize and dandi upload on some NWB files I've generated. I get the following dandi validation error:

2025-05-06T03:54:53+0000 [WARNING ] dandi 1370:139809792194304  Error 1: ValidationResult(id='pynwb.DynamicTable (processing/eye_tracking/ellipse): missing data type ElementIdentifiers (id)', origin=ValidationOrigin(name='pynwb', version='2.8.3', bids_version=None), scope=<Scope.FILE: 'file'>, severity=<Severity.ERROR: 3>, asset_paths=None, within_asset_paths={'/tmp/nxf.8M0y39gRXN/capsule/results/001417/sub-752311/sub-752311_ecephys.nwb': 'processing/eye_tracking/ellipse'}, dandiset_path=None, dataset_path=None, message='Failed to validate. missing data type ElementIdentifiers (id)', metadata=None, path=PosixPath('/tmp/nxf.8M0y39gRXN/capsule/results/001417/sub-752311/sub-752311_ecephys.nwb'), path_regex=None)

The code I'm using to package this portion of the NWB is as follows:

    eye_tracking_df_new = pd.DataFrame({
        'name': ['eye_tracking'] * len(eye_tracking_df),
        'reference_frame': ['nose'] * len(eye_tracking_df),
        'data_x': eye_tracking_df['eye_center_x'],
        'data_y': eye_tracking_df['eye_center_y'],
        'area': eye_tracking_df['eye_area'],
        'area_raw': eye_tracking_df['eye_area_raw'],
        'width': eye_tracking_df['eye_width'],
        'height': eye_tracking_df['eye_height'],
        'angle': eye_tracking_df['eye_phi'],
        'timestamps': eye_tracking_df['timestamps']
    })
    ellipse_eye_tracking = pynwb.core.DynamicTable.from_dataframe(
            name="ellipse",
            df=eye_tracking_df_new
    )
    eye_mod = pynwb.ProcessingModule("eye_tracking", "eye tracking data")
    nwb_file.add_processing_module(eye_mod)
    eye_mod.add_data_interface(ellipse_eye_tracking)

Printing this field of the nwb displays

n>>> nwb.processing['eye_tracking']['ellipse']
ellipse hdmf.common.table.DynamicTable at 0x139866740202080
Fields:
  colnames: ['name' 'reference_frame' 'data_x' 'data_y' 'area' 'area_raw' 'width'
 'height' 'angle' 'timestamps']
  columns: (
    name <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    reference_frame <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    data_x <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    data_y <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    area <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    area_raw <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    width <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    height <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    angle <class 'hdmf.common.table.VectorData'>,
    timestamps <class 'hdmf.common.table.VectorData'>
  )
  id: id <class 'hdmf.common.table.ElementIdentifiers'>
Ngôn ngữ chính
Python
Star
28
Fork
37
Merge trung bình
3 ngày 21 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
13

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của dandi/dandi-cli

Tất cả issue của dandi/dandi-cli

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.